Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Kitap Koleksiyonu
Bu koleksiyon için kalıcı URI
Güncel Gönderiler
Öğe Quantitative Structure-activity Relationship (QSAR) in Studying the Biologically Active Molecules(Bentham Books, 2023) Çetinkaya, Serap; Tüzün, Burak; Sarıpınar, EminRecently, many new methods have been used in the research and development of a new drug. In this article, QSAR, which is one of the usable areas of artificial intelligence during molecule research, and the analysis and formulation studies related to the suitability of this area are discussed. It is explained how a model to be created is prepared and calculation formulas for how to verify this model are shown. Examples of the most recent 4D-QSAR calculations are given.Öğe Omicron: Emergence, Detection, and Response(Nova, 2023) Çetinkaya, Serap; Özbilüm Şahin, Nil; Yenidünya, Ali Fazıl; Tüzün, BurakCOVID-19 pandemic emerged in December 2019, and it is still a global threat with quite a few variants. The B.1.1.529, Omicron, identified in South Africa in 2021, was one of the most notorious variants due to its high infection and mutability capacity. The Omicron variant had mutations in the S region of the key RBD which boosted the transmission ability of the virus. Resistance to antibodies and vaccines has been the key features of this variant. The rise of antibody-evading variants has reached alarming proportions and discovery of small molecule inhibitors has been thought to be a solution to this problem. Presently scientific attention has been substantially directed towards computational drug design performing molecular simulations to generate effective chemical agents to tackle the Omicron variant.Öğe The Potential of Medicinal and Aromatic Plants to Prevent Prostate Cancer(Nova, 2023) Çetinkaya, Serap; Tüzün, BurakMedicinal and aromatic plants have been used in the prevention and treatment of diseases since ancient times. Today, they are used in the production of diverse commodities such as food, perfumery, cosmetics, medicine, textile, spices, paints, and pesticides. Prostate cancer is the second most common type of cancer in men. Early treatment of prostate cancer becomes important, and it is important to develop different treatment methods.Öğe Polymeric nanoparticles and their composites in corrosion inhibition(De Gruyter, 2023) Çelik, Muhammed Safa; Çetinkaya, Hüseyin Fatih; Çetinkaya, Serap; Tüzün, Gamze; Tüzün, BurakMetal hardware is inherently prone to corrosion. Substantial research has been undertaken to explore to supersede this challenge. Initially, paints, pigments and organic coatings were utilized to circumvent metal corrosion. Lately, polymer composites and nanocomposites have become favored anticorrosion agents, especially epoxy, polyethylene glycol, polyaniline and polystyrene. The future research on poly- mer nanocomposites has the potential to address the current challenges of metal corrosion.Öğe Anticancer activity of medicinal plants extract and molecular docking studies(Bentham Books, 2023) Çetinkaya, Serap; Tüzün, BurakInterest in medicinal and aromatic plants is increasing day by day. Today, medicinal and aromatic plants; It is used in many fields such as food, perfumery, cosmetics, medicine, textile, spice, paint and pesticide. It is also known that medicinal and aromatic plants have been used in the prevention and treatment of diseases since ancient times. Prostate cancer is the second most common type of cancer in men. In this respect, early diagnosis and diagnosis of prostate cancer becomes important, and it becomes important to investigate different treatment methods. Research caper (Capparis spinosa L.), carob (Ceratonia siliqua L.), hawthorn (Crataegus monogyna L.), quinoa (Chenopodium quinoa L.), rosehip (Rosa canina L.), golden grass (Helichrysum arenarium L.), mallow (Malva parviflora L.), stevia (Stevia rebaudiana L.), gojiberry (Lycium barbarum L.), coriander (Coriandrum sativum L.) plants. The chemicals contained in the studied plants will be determined from the results of GC-MS. These chemicals will be compared for their activities against prostate cancer proteins (Protein Data bank ID: 3RUK, 6XXP, 3A99, 3G1R, 2AMA and 3EQM) by molecular docking calculations. Molecules with high activity will compare with the reference molecule. Afterwards, ADME/T properties of highly active molecules will be examined.Öğe MXenes and their composites as corrosion prevention(De Gruyter, 2023) Aksu, Aysun; Çetinkaya, Hüseyin Fatih; Çetinkaya, Serap; Tüzün, Gamze; Tüzün, BurakMXene, an advanced metal-based 2D ceramic material family, has had a sig- nificant impact in the field of corrosion prevention due to its unique physicochemical properties. Due to the need for further advancement and improvement in MXene ma- terials, studies have turned to the manufacture of composites that help strengthen MXene composites in terms of their properties and applications in various fields. MXenes have excellent filling properties. Anticorrosive application of MXene-filled polymer coatings has been extensively reported. Although modified graphene oxide is widely used as a filler in boron nitride and epoxy-based coatings, its applications as filler in other polymers with new properties are needed. This chapter focuses on MXenes as corrosion inhibitors, the properties of their composites and their applica- tion in industry.Öğe MOLEKÜLER TÜR TANIMLAMASINDA BIR ARAÇ OLARAK DNA BARKODLAMA(İksad Yayınevi, Aralık 2022) Pektaş, Ayşe Nur; Berk, ŞeydaTürlerin taksonomik tanımlamasında DNA kullanma kavramı ilk olarak Hebert ve Gregory tarafından önerilmiştir (P. D. Hebert ve ark., 2003). DNA barkodlama kavramı, türleri birbirinden ayırmak için kullanılabilen "küçük standart DNA dizisi" anlamına gelir. Genomda seçilmiş spesifik bölgelerin PCR amplifikasyonuna dayanan ve tür tanımlaması için kullanılan bir tekniktir. İlk barkodlama çalışmasından bu yana 6000'in üzerinde barkodlama makalesi yayınlanmıştır (Dormontt ve ark., 2018). Türlerin yaşam formlarını birbirinden ayırt edebildiği bir barkodlama bölgesi fikri hızla benimsenmiştir. Daha sonra diğer organel bölgelerinin, işaretleyicilerin ve ilgili primer setlerinin de barkodlama için kullanılabileceği düşüncesiyle barkodlama çalışmaları genişlemiştir (Bohmann ve ark., 2020). Temel olarak, barkodlama, moleküler karakterizasyon yoluyla kesin tanımlamaya izin vermede her biri diğeri kadar dolaylı olarak hayati önem taşıyan iki temel öğe içerir. Bunlar bilinmeyen ve hedeftir. Bilinmeyen, normalde kaynağı bilinmeyen (yaklaşık 650 baz çifti) kısmi bir COI dizisiyle temsil edilirken, hedef önceden belirlenmiş (tipik olarak morfoloji ve tercihen tür düzeyine göre) veri tabanında veya başka bir depoda bulunan bir COI dizisidir. DNA barkodlamanın amacı, ekosistemimizdeki türlerin çeşitliliğini tanımaya yardımcı olmaktır ve bu amaca ulaşmak için tür düzeyinde tanımlama çok önemlidir (Kvist, 2013).Öğe Kolorektal kanser kök hücre izolasyonu, tanımlanması ve kültürü.(İksad Yayınevi, Ekim 2022) Berk, ŞeydaKolorektal kanser (KRK), kanser ölümlerinin üçüncü nedeni olarak bilinir ve dünya çapında en yaygın malignite türleri arasındadır (Inamura, 2018). Bu hastalık için farklı tedavi yöntemleri ile çeşitli cerrahi ve medikal tedaviler uygulanmaktadır (Pellino ve ark., 2018). Kanser tedavisinde hastanın sağ kalımını ve yaşam kalitesini artırmak çok önemlidir ve bu alanda önemli gelişmeler olmuştur. Buna rağmen kansere bağlı ölümlerde sürekli artışlar gözlenmektedir (Yadav ve ark., 2017). Genel olarak, kolon epitel hücrelerinin iç duvarlarında kolorektal kanser erken tespit edildiğinde cerrahi olarak çıkarılabilmektedir. Ancak hasta bu aşamada tedavi edilmezse kanser kemoterapiye bile duyarsız hale gelir ve kanser hücreleri farklı organlarda farklı bölgelere metastaz yapabilmektedir (Gothai ve ark., 2018). Kansere bağlı ölümlerin sadece %10'u birincil tümörlerden kaynaklanmaktadır; çoğu metastatik tümörlerden kaynaklanır. Tümör hücrelerinin metastatik gücünün, kanser kök hücreleri (KKH'ler) olarak bilinen tümör hücrelerinin kök hücre benzeri bir alt popülasyonunun özelliklerine atfedildiğine inanılmaktadır (Moghbeli ve ark., 2014). Kanser kök hücreleri kemoterapötik tedavilere dirençlidir ve tümör hücrelerinde uzun süre uyku halini indükleyebilmektedirler. Katı tümörlerde KKH'lerin tespiti, izolasyonu ve karakterizasyonu, son yıllarda kanser hedefli tedavilerin ayırt edici özellikleridir (Moghbeli ve ark., 2014). Normal ve kanser kök hücreleri arasında kaçınılmaz benzerlikler vardır; bu nedenle, bunları ayırt etmek için spesifik yöntemler veya belirteçler bulmak kanser tedavileri için kritik öneme sahiptir. KKH'lerin tümör nüksü ve kemoterapötik dirençle ilgisi göz önüne alındığında, bu tür hücrelerin tümörlerde tanımlanması, etkili hedefe yönelik tedavi için zorunludur. KKH'leri in vitro izole etme ve yayma olasılığı, KKH popülasyonundaki seçici olarak aktive edilmiş sinyal iletim yolları üzerinde daha fazla çalışmaya, onların hayatta kalma stratejilerinin altında yatan mekanizmayı daha iyi anlamak ve anti-tümör tedavisinde yeni yaklaşımlar tanımlamak için olanak sağlayacaktır. Bu bölümde, kolorekral kanser kök hücrelerin tanımlanmasında ve izolasyonunda kullanılan hücre yüzey reseptörleri ve bazı izolasyon yöntemler ile birlikte izolasyon sonrası kök hücrelerin kültür koşulları açıklanmaktadır.Öğe CAENORHABDITIS ELEGANS MODEL ORGANİZMASINDA TRANSKRİPTOM VE METABOLOM ANALİZLERİ(Serüven yayınevi, Aralık 2022) Berk, Şeyda; Pektaş, Ayşe NurMetabonomi veya metabolomik, spektrometri ve genomik araştırmaları sonrası bu teknolojiler ile geliştirilen yeni bir "omik" disiplini olup, genellikle, canlı sistemlerdeki tüm metabolitlerin ve eksojen uyaranlara, genetik veya çevresel modifikasyona yanıt olarak metabolik varyasyonların eş zamanlı olarak ölçülmesini ifade eder. Metabonominin ana amacı, bir hücrenin veya canlı sistemin biyolojik durumunun, biyoakışkanlardaki metabolitlerin kimyasal profil modellerini ortaya çıkarmaktır. Bu nedenle, metabonomik çalışmaların odağı, küçük molekül metabolitlerinin kalitatif ve kantitatif karakterizasyonudur. Metabonominin toksikoloji, hastalık teşhisi, biyobelirteç keşfi ve ilaç alanındaki çalışmalar ile sağlık alanında büyük bir potansiyele sahip olduğu kanıtlanmıştır. Metabolom doğası gereği büyük ve karmaşıktır. Escherichia coli ve Saccharomyces cerevisiae gibi mikropların sırasıyla 3.700 ila 16.000 metaboliti vardır (Ramirez-Gaona ve ark., 2017; Sajed ve ark., 2016). Tek tek bitkilerin 30.000–80.000 metabolite sahip olduğu düşünülürken, tüm bitkiler âleminde 200.000 ila 1.000.000 arasında metabolitten oluşur (Binning, 2004; Saito & Matsuda, 2010). En çok sayıda bitki bileşikleri, ikincil metabolitler ve lipitlerdir. Omurgalılar, bitkilerde görülen daha "egzotik" ikincil metabolitlerin aksine, metabolitlerin çoğunluğu farklı lipit türleri olmak üzere, büyük olasılıkla tek tek bitkilere benzer boyutta bir metaboloma sahiptir. Serbest yaşayan insanlar çok çeşitli bir diyete sahip oldukları ve çok çeşitli ilaçlara, gıda katkı maddelerine, kozmetiklere ve ev kimyasallarına maruz kaldıkları için, insan metabolomunun muhtemelen bir milyondan fazla endojen ve ekzojen bileşikten oluştuğuna inanılmaktadır (Uppal ve ark., 2016). Ancak bugüne kadar Homo sapiens'te sadece yaklaşık 114.000 kadar metabolit tanımlanmıştır (Wishart ve ark., 2018). Son yirmi yıl, genomik dizileme teknolojilerinde patlayıcı bir büyümeye tanık olmuştur. Artan verim, daha yüksek doğruluk ve daha düşük maliyetlerin bir sonucu olarak, son yirmi yılda genomik dizi veritabanlarında üstel bir büyüme olmuştur. Bununla birlikte, moleküler biyolojideki büyük bir zorluk, aynı genomun farklı doku tiplerinde, gelişim aşamalarında ve çevresel koşullarda farklı fenotiplere karmaşık haritalanması olmaya devam etmesidir. Transkriptlerin ve gen regülasyonunun ifadesinin daha iyi anlaşılması önemsiz olmamakla birlikte bu zorluğun merkezinde yer alır (Wang ve ark., 2019). Transkriptomik, gen yapısı, ekspresyonu ve düzenlenmesi hakkında önemli bilgiler sunar ve birçok organizmada geniş çapta incelenmiştir. Nematod Caenorhabditis elegans da bu alanda çokça çalışılmış bir model organizmadır.Öğe Anti-kanser ilaç keşfi için bir model olarak Caenorhabditis elegans(Livre de Lyon, Ekim 2022) Berk, Şeyda1963'te Sydney Brenner, Tıbbi Araştırma Konseyi'nin Moleküler Biyoloji Laboratuvarı (LMB) başkanı Max Perutz'a, “moleküler biyolojinin klasik sorunlarının ya çözüldüğü ya da önümüzdeki on yıl içinde çözüleceği” konusundaki endişelerini detaylandıran bir mektup göndermiştir. Bu mektubunda moleküler biyolojinin geleceğinin, “özellikle gelişim ve sinir sistemi” olmak üzere diğer alanlara yayılmasına dayandığını öne sürmüştür (Sydney Brenner, 2002; Reeve, 1988). Ayrıca, prokaryotik genetiğin basitliğini ve gücünü göz önünde bulundurarak, bir nematod (yuvarlak solucan), Caenorhabditis briggsae'nin bu sorunların üstesinden gelmek için ideal bir sistem olacağını önermiştir. Daha sonra, çabalarının odak noktası olarak nematod Caenorhabditis elegans (C. elegans) yetiştirmeyi denemiştir, çünkü C. elegans suşu Brenner'ın laboratuvarındaki C. briggsae izolatından daha iyi büyüme özelliği sergilemiştir (Félix, 2008). Bugün C. elegans, son 5 yılda her yıl yayınlanan 8000'ün üzerinde C. elegans araştırma makalesi ile dünya çapında çok sayıda laboratuvarda aktif olarak incelenmektedir. C. elegans, dünya çapında bulunan küçük, serbest yaşayan bir nematoddur. Yumurtadan yeni çıkan larvalar 0,25 milimetre, erginler ise 1 milimetre boyundadır. Küçük boyutları, hayvanların genellikle 100X'e kadar büyütmeye izin veren diseksiyon mikroskopları veya 1000X'e kadar büyütmeye izin veren bileşik mikroskoplarla gözlemlendiği anlamına gelmektedir. Diseksiyon mikroskobu, solucanları hareket ederken, yemek yerken, gelişirken, çiftleşirken ve yumurta bırakırken petri kaplarındaki (Şekil 1, A ve B) solucanları gözlemlemek için kullanılmaktadır. Bir bileşik veya konfokal mikroskop, çok daha iyi çözünürlükte gözlem yapılmasına izin vermektedir (Şekil 1C), araştırmacıların hücre gelişimi ve işlevi ile ilgili soruları tek hücreli çözünürlükte ele alan deneyler yapmalarına izin vermektedir. C. elegans şeffaf olduğundan, tek tek hücreler ve hücre altı ayrıntılar için diferansiyel girişim kontrastı (DIC) mikroskopi kullanılarak kolayca görselleştirilebilmektedir (Şekil 1C). Proteinleri veya hücre altı bölmelerini etiketlemek için floresan proteinler kullanılarak gelişmiş ayrıntılar elde edilebilmektedir (Şekil 1D). Floresan proteinler ayrıca gelişimsel süreçleri incelemek, hücre gelişimini ve işlevini etkileyen mutantları taramak, hücreleri izole etmek ve in vivo protein etkileşimlerini karakterize etmek için de kullanılabilmektedir (Chalfie, Tu, Euskirchen, Ward, & Prasher, 1994) (Boulin, Etchberger, & Hobert, 2006; Feinberg ve ark., 2008).Öğe Sağlık Bilimlerinde Güncel Tartışmalar 5(Bilgin Kültür Sanat Yayınları, 2022) Akkaya, Birnur; Akkaya, Recep.Öğe Sağlık Bilimlerinde Güncel Tartışmalar 6(Bilgin Kültür Sanat Yayınları, 2022) Akkaya, Birnur; Akkaya, RecephgjgÖğe Current Debates on Health Sciences 4(Bilgin Kültür Sanat Yayınları, 2022) Akkaya, Birnur; Akkaya, RecepkjgÖğe REM UYKU YOKSUNLUĞU VE EPİLEPTİK NÖBETLER ÜZERİNE BİYOFİZİKSEL AÇIDAN BAKIŞ(İksad Yayınevi, 2022) Akkaya, Birnur; Akkaya, RecepBilim insanlarının kendi alanlarında elde ettiği tecrübeleri diğer bilim insanları ile paylaşmalarının en iyi yöntemlerinden biri, ilgili konuda derleme yazmalarıdır. Çeşitli çalışmalar yaparak pek çok farklı dergide yayınlayan bilim insanlarının tüm çalışmalarını okumak her zaman mümkün olamamaktadır. Bu sebeple aynı konuda yapılan pek çok çalışmayı özetleyerek bir bütün halinde sunmak son derece önemlidir. Bu kitapta da farklı bilim disiplinlerinde yapılan çok kıymetli derlemeler ve akademik çalışmalar bulunmaktadır. Bu kitapta bulunan tüm yazılar, yazarların tecrübeleri ile elde ettikleri bilgileri bizlerle paylaşması sebebi ile önemlidir. Tüm yazarlarımıza katkıları için teşekkür ediyoruz.Öğe Manyetik Alanın Kanser Hücreleri Üzerine Etkisini Biyokimyasal ve Biyofiziksel Açıdan İnceleme(İksad Yayınevi, 2022) Akkaya, Birnur; Akkaya, RecepKanser kontrolsüz gelişen ve bu anormal hücrelerin yayılması ile karakterize edilen bir hastalıktır. Anormal hücrelerin kontrolsüz yayılması engellenemez ise hastalık ölüm ile sonuçlanmaktadır. Bu hastalığın tedavisinde kimyasal ilaç, tıbbi bitkiler, radyoterapi, kemoterapi gibi çeşitli yöntemler kullanılmaktadır. Tüm bu yöntemler hücre bölünmesi ve yayılmasını kontrol edebilirken, yan etkileri nedeni ile çok iyi sonuç vermemektedir. Manyetiklik astım, diyabet, göz problemleri, baş ağrısı, yaralanma, kilo alma, migren, karaciğer hastalıkları, hipertansiyon gibi hastalıkların tedavisinde kullanılmış olmasına rağmen kanser hücreleri üzerine etkisi hala araştırmaya değer görülmektedir.Öğe Biology of Natural and Synthetic Lantibiotics and Their Current application Status(İksad publishing house, Mart 2022) Yenidünya, Ali Fazıl; Çetinkaya, SerapLantibiotics are the posttranslationally modified antimicrobial peptides. They assume their functional forms through a proteolytic processing, and are extruded by the release machinery to the extracellular milieu. Repeating peptidoglycan units of the target cell wall or integral lipids of the membrane, such as phosphatidylethanolamine and phosphatidylserine, appear to serve as the specific binding targets of these antibacterial agents. A cohort of natural lantibiotics from diverse species of bacteria now exist along with their modified and engineered forms. Insights have been gained into the practical aspects of this inventory covering areas from bacterial pathogens to deadly viruses and cancer types. This chapter attempted to reflect the current status of the lantibiotics biology and of their functional magnitude.Öğe Biology of Natural and Synthetic Lantibiotics and Their Current application Status(İksad publishing house, Mart 2022) Yenidünya, Ali Fazıl; Çetinkaya, SerapLantibiotics are the posttranslationally modified antimicrobial peptides. They assume their functional forms through a proteolytic processing, and are extruded by the release machinery to the extracellular milieu. Repeating peptidoglycan units of the target cell wall or integral lipids of the membrane, such as phosphatidylethanolamine and phosphatidylserine, appear to serve as the specific binding targets of these antibacterial agents. A cohort of natural lantibiotics from diverse species of bacteria now exist along with their modified and engineered forms. Insights have been gained into the practical aspects of this inventory covering areas from bacterial pathogens to deadly viruses and cancer types. This chapter attempted to reflect the current status of the lantibiotics biology and of their functional magnitude.Öğe GENETIC INTERPLAY BETWEEN THE DAIRY STREPTOCOCCUS THERMOPHILUS AND ITS PHAGES(İksad publishing house, 2021) Çetinkaya, Serap; Yenidünya, Ali FazılThe chapter was prepared with the intention to provide a concise information on the genetics of dairy S. thermophilus in relation to its phages. The text was extricated from key references with relevant Figures. In essence, it was tried to make a collection of the key findings on the subject and to reemphasize them together.Öğe GENETIC INTERPLAY BETWEEN THE DAIRY STREPTOCOCCUS THERMOPHILUS AND ITS PHAGES(İksad publishing house, Ağustos 2021) Çetinkaya, Serap; Yenidünya, Ali FazılThe chapter was prepared with the intention to provide a concise information on the genetics of dairy S. thermophilus in relation to its phages. The text was extricated from key references with relevant Figures. In essence, it was tried to make a collection of the key findings on the subject and to reemphasize them together.Öğe Güncel Biyokimya Çalışmaları II(Akademisyen Yayınevi A.Ş., 2021) ; Akkaya, Recep; Akkaya, BirnurEnzimatik bakış
