BİYOLOJİK VERİTABANLARI KULLANILARAK BAKTERİYEL TOPOİZOMERAZ I HEDEFLİ TERAPÖTİK DNA APTAMERİ GELİŞTİRİLMESİ

Abstract

DNA topoizomerazlar DNA topolojisini değiştirerek replikasyon ve transkripsiyon gibi canlılığı doğrudan ilgilendiren metabolik olaylarda görev alırlar. Bu nedenle kontrolsüz hücre bölünmesi/kanser ve patojenler ile savaşta kullanılabilecek en etkin ilaç hedeflerinden birini oluşturmaktadır. Ancak hem ilaç hedefinde oluşacak ifade azalması hem de ABC taşıyıcı proteinlerin ilacı terapötik dozunda hücre içerisinde tutmamasından kaynaklı ilaç direnci nedeniyle tedavide zorluklar oluşmaktadır. Ayrıca bugüne kadar birçok topoizomeraz inhibitörü geliştirilmiş olsa da bu moleküllerin tedavi süresince etkinlik kayıpları nedeniyle yeni yapıların araştırılmasına devam edilmektedir. Ancak geliştirilecek yapılar yine kimyasal madde tabanlı olacağı için tedavi süresince problemlerin oluşması sürdürülebilir bir Ar-Ge yöntemi değildir. Dahası hatalı antibiyotik kullanımı sonucu oluşan ilaç direnci nedeniyle süper bakterilerin gelişmesi de kimyasal ilaç tabanlı tedavilerin yenilenmesi ihtiyacını göstermektedir. Diğer taraftan günümüzde artan bir ivme ile hem Ar-Ge’si yapılan hem de piyasada mevcut olarak kullanılan biyofarmasötik tabanlı tedaviler düşük/olmayan toksik etkiler ve dolayısıyla biyolojik uyumları nedeniyle tedavide tercih edilmesi gereken etkin madde sınıflarını oluşturmuş bulunmaktadır. Bu biyofarmasötik grupları içerisinde bulunan aptamerler, antikorlar gibi hedeflerine yüksek özgüllükte bağlanabilen yüksek seçiciliğe sahip moleküllerdir. Günümüzde piyasada FDA tarafından onaylanmış tek bir terapötik aptamer bulunmaktadır ve bu alanda yeni moleküllerin geliştirilmesi önem arz etmektedir. Buradan hareketle projede biyolojik veritabanları kullanılarak bakteriyel topoizomeraz I hedefleyen bir DNA aptamerlerinin in-silico araçlar ile geliştirilmesi hedeflenmektedir. Veritabanları ve modellemeler kullanılarak yapılacak analiz aptamer seçiliminde kullanılan SELEX basamağını elimine edeceği için etkin maddenin tanımlanma süresi de kısalmış olacaktır.