Yazar "Çelik, Cem" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 20 / 24
  • Küçük Resim
    Öğe
    ALLYL FUNCTIONALIZED BENZIMIDAZOLIUM-DERIVED AG(I)-N-HETEROCYCLIC CARBENE COMPLEXES: ANTI-BIOFILM AND ANTIMICROBIAL PROPERTIES
    (April, 2022) TUTAR, UĞUR; Çelik, Cem; Şahin, Neslihan
    Microorganisms in the biofilm structure cause severe health problems and economic losses. Therefore, it is very important to design and screen anti-biofilm molecules that can solve the related problems. This paper is aimed to demonstrate the antimicrobial and anti-biofilm properties of allyl substituted benzimidazoliumbased Ag(I)-containing N-heterocyclic carbene (NHC) complexes. In this work, the antimicrobial and antibiofilm properties of six allyl-substituted benzimidazolium-based Ag(I)-NHC complexes, the synthesis and characterization of which had been carried out previously, were investigated. The antibacterial properties of Ag(I)-NHC complexes were tested by the broth microdilution method. The biofilm formation was detected by microtiter plate assay. All test compounds (1–6) showed strong and same activity against Escherichia coli ATCC 25922 at concentrations of 3.9 g/mL as compared to that of the reference anti-biotics (ampicillin). Test compounds exhibited the same or stronger activity than the reference drug against the Acinetobacter baumannii isolate with MedIC values of 15.6 – 31.25 g/mL in comparison to the positive control colistin. All compounds inhibited the formation of E. coli biofilms at sub-MIC concentrations by 56 – 90%. Furthermore, it was found that these compounds reduced Klebsiella pneumoniae biofilm formation by 29 – 65%, S. aureus biofilm formation by 36 – 52%, E. faecalis biofilm formation by 38 – 50%, A. baumannii biofilm formation by 51 – 60%, and Candida albicans biofilm formation by 38 – 53%. Regarding the biofilms formed, it was established that the test compounds eradicated the mature of E. coli biofilm by 43 – 63%, K. pneumoniae biofilm by 16 – 40%, S. aureus biofilm by 18 – 39%, E. faecalis biofilm by 15 – 27%, A. baumannii biofilm by 27 – 53%, and C. albicans biofilm by 18 – 41%. Compounds evaluated in our work, which is one of the few studies on benzimidazolium-derived NHCs, have the potential to become new biological agents with strong antimicrobial properties and activity against microbial biofilms. Therefore, further in vivo and in vitro studies should be conducted.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Antibiofilm and Antimicrobial Properties of 1-allyl-3-(2-diisopropylaminoethyl) Benzimidazolium Chloride and its Silver(I)-NHC Complex
    (2022) Tutar, Uğur; Çelik, Cem
    Today, the number of antimicrobials used in treatment has decreased, especially due to drug resistance. We need new antimicrobials. Biofilms are an important cause of antimicrobial resistance. In this study, the antimicrobial and antibiofilm properties of the salt and silver complex of benzimidazolium-based NHC compound, which were previously synthesized and characterized, were evaluated. The antimicrobial properties were tested using the broth microdilution method, while their antibiofilm potential was determined by microtiter plate assay. Salt of the NHC compound (1a) showed antimicrobial activity on microorganisms at concentrations between 31.25-125 µg/mL. The silver complex (2a) of the NHC compound showed higher antimicrobial and antibiofilm activity than the salt compound. This activity was highest on Candida albicans yeast (MIC 3.9 µg/mL). Compound 2a reduced the biofilm structure of C. albicans yeast by 86.1% compared to the control. In addition, compound 2a showed 76.4-80.6% antibiofilm activity on gram-negative bacteria. NHC compounds are seen as a promising resource for the development of new generation antimicrobials. The NHC compound evaluated in this study was found to have significant antimicrobial and antibiofilm activity. These compounds could be an important resource for the discovery of future biofilm-acting antimicrobials.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Antifungal and Antibiofilm Activities of Some Essential Oils Against Candida spp
    (2022) Atron, Bydaa; Ahamada, Hanaou; Kafa, Ayşe Hümeyra Taşkın; Çelik, Cem; Hasbek, Mürşit
    Candida species are commonly encountered strains associated with a wide range of infections. Unlike bacterial pathogens, fungal pathogens treatment is difficult and the development of resistance has been increasing at an alarming rate. In this study, the antifungal and antibiofilm effect of thyme oil, rosemary oil, mint oil, citronella oil, was tested on Candida albicans, Candida tropicalis, Candida kefyr, Candida glabrata, Candida parapsilosis isolated from clinical samples. The agar disc diffusion method was employed to determine the antifungal effect of the essential oils, and the inhibition of biofilm formation was assessed using microtiter biofilm inhibition assay. The results indicated that all the essential oils inhibited Candida strains and their biofilm in varying degrees. The highest antifungal activity in all isolates was observed in the thyme oil (>50mm), while rosemary oil showed the highest antibiofilm effect (>77%) in all tested strains. These findings led us to assume that the active components found in essential oils might be potential antifungal agents, adding to the repertoire of therapeutic options for the treatment of candidiasis. 
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    BİR ÜNİVERSİTE HASTANESİNDE KAN ÖRNEKLERİNDEN ÜRETİLEN ESCHERICHIA COLI VE KLEBSIELLA PNEUMONIAE İZOLATLARINDA DİRENÇ: COVID-19 PANDEMİ DÖNEMİ İLE KARŞILAŞTIRMALI ALTI YILLIK DEĞERLENDİRME
    (2022) Çelik, Cem; Özden, Meltem; Karahan, Hamdi; Hasbek, Mürşit; Tutar, Uğur
    Kan dolaşım enfeksiyonları (KDE) yüksek mortalite ve morbidite ile seyreden en önemli nozokomiyal enfeksiyonlardandır. Gram negatif bakteriler içerisinde en sık KDE etkeni olan bakterilerden ikisi Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae’dır. Antimikrobiyal direnç bu bakterilerin neden olduğu enfeksiyonların tedavisinin önündeki en büyük sorunlardan birisidir. Direnç sürecinin izlenmesi ve seyrinin belirlenmesi, ampirik tedaviye yön vermesi açısından önemlidir. Bu çalışmada kan dolaşımı örneklerinden izole edilen K. pneumoniae ve E. coli bakterilerinin direnç durumları değerlendirilerek, hastanemizdeki güncel verilerin ortaya konulması amaçlanmıştır. Çalışmada 2016-2021 yılları içerisinde kan örneklerinden izole edilen E. coli ve K. pneumoniae bakterilerinin antibiyotiklere karşı direnç durumları, laboratuvar bilgi sistemi verilerinden alınarak geriye dönük olarak incelenmiştir. Çalışmada 963 kan kültüründen 659 E. coli ve 304 K. pneumoniae izole edilmiştir. Bu bakterilerin %34’ü yoğun bakımlardan, %66’sı diğer kliniklerde yatan hastalardan izole edilmiştir. Tüm antibiyotikler değerlendirildiğinde, yoğun bakımlarda yatan hastalarda direnç oranlarının daha yüksek olduğu görülmüştür. En etkili antibiyotik amikasin olarak bulunmuştur. Yoğun bakım ünitesi izolatlarında Genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) pozitifliği %51 olarak bulunurken, diğer kliniklerde bu oran %36 olarak tespit edilmiştir. GSBL pozitif izolatlarda direnç oranlarının anlamlı oranda yüksek olduğu görülmüştür. K. pneumoniae izolatlarında amikasin ve meropenem sonuçlarında pandemi öncesi ve pandemi dönemi arasında anlamlı bir fark görülmüştür. Ülkemizdeki sağlık merkezlerinin kendi antibiyotik kullanım politikalarını bilimsel çalışma verilerini dikkate alarak belirlemeleri yararlı olacaktır. Bu nedenle bu çalışma sonuçlarının E. coli ve K. pneumoniae kaynaklı sepsiste uygulanacak olan ampirik tedavi modellerini belirlemede yol gösterici olabileceğini düşünüyoruz.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    BİR ÜNİVERSİTE HASTANESİNDE KAN ÖRNEKLERİNDEN ÜRETİLEN ESCHERICHIA COLI VE KLEBSIELLA PNEUMONIAE İZOLATLARINDA DİRENÇ: COVID-19 PANDEMİ DÖNEMİ İLE KARŞILAŞTIRMALI ALTI YILLIK DEĞERLENDİRME
    (ANKEM Antibiyotik ve Kemoterapi Derneği, 2022) Çelik, Cem; Özden, Meltem; Karahan, Hamdi; Hasbek, Mürşit; Tutar, Uğur
    Kan dolaşım enfeksiyonları (KDE) yüksek mortalite ve morbidite ile seyreden en önemli nozokomiyal enfeksiyonlardandır. Gram negatif bakteriler içerisinde en sık KDE etkeni olan bakterilerden ikisi Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae’dır. Antimikrobiyal direnç bu bakterilerin neden olduğu enfeksiyonların tedavisinin önündeki en büyük sorunlardan birisidir. Direnç sürecinin izlenmesi ve seyrinin belirlenmesi, ampirik tedaviye yön vermesi açısından önemlidir. Bu çalışmada kan dolaşımı örneklerinden izole edilen K. pneumoniae ve E. coli bakterilerinin direnç durumları değerlendirilerek, hastanemizdeki güncel verilerin ortaya konulması amaçlanmıştır. Çalışmada 2016-2021 yılları içerisinde kan örneklerinden izole edilen E. coli ve K. pneumoniae bakterilerinin antibiyotiklere karşı direnç durumları, laboratuvar bilgi sistemi verilerinden alınarak geriye dönük olarak incelenmiştir. Çalışmada 963 kan kültüründen 659 E. coli ve 304 K. pneumoniae izole edilmiştir. Bu bakterilerin %34’ü yoğun bakımlardan, %66’sı diğer kliniklerde yatan hastalardan izole edilmiştir. Tüm antibiyotikler değerlendirildiğinde, yoğun bakımlarda yatan hastalarda direnç oranlarının daha yüksek olduğu görülmüştür. En etkili antibiyotik amikasin olarak bulunmuştur. Yoğun bakım ünitesi izolatlarında Genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) pozitifliği %51 olarak bulunurken, diğer kliniklerde bu oran %36 olarak tespit edilmiştir. GSBL pozitif izolatlarda direnç oranlarının anlamlı oranda yüksek olduğu görülmüştür. K. pneumoniae izolatlarında amikasin ve meropenem sonuçlarında pandemi öncesi ve pandemi dönemi arasında anlamlı bir fark görülmüştür. Ülkemizdeki sağlık merkezlerinin kendi antibiyotik kullanım politikalarını bilimsel çalışma verilerini dikkate alarak belirlemeleri yararlı olacaktır. Bu nedenle bu çalışma sonuçlarının E. coli ve K. pneumoniae kaynaklı sepsiste uygulanacak olan ampirik tedavi modellerini belirlemede yol gösterici olabileceğini düşünüyoruz.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Blood group distribution of donors and patients admitted to the Blood andTransfusion Center of Cumhuriyet Uni- versity Hospital
    (2015) Doğan, Erdoğan; Sevimligül, Gülgün; Çelik, Cem; Şencan, Mehmet
    Amaç: Kan grupları, kanda bulunan kırmızı kan hücrelerinin (eritrositlerin) üzerinde bulunanantijen çeşitlerine göre yapılan bir sınıflama sistemidir. Ülkemizde ve dünyada yaygın olarakkullanılmakta olan kan grubu sistemleri, AB0 ve Rh sistemleridir. Çalışmamızda CumhuriyetÜniversitesi Sağlık Hizmetleri Uygulama ve Araştırma Hastanesi Kan merkezi/transfüzyonmerkezinde çalışılan kan grubu testlerinin sonuçlarından faydalanılarak bölgemizdeki AB0 ve Rhkan gruplarının dağılımını belirlemeyi amaçladık.Yöntem: Çalışmamızda Ocak 2009 ile Aralık 2013 tarihleri arasındaki beş yıllık dönemdemerkezimize başvuran 99207 kişinin kan grupları Kan merkezi/transfüzyon merkezi verilerindengeriye dönük olarak incelenmiştir. Kan grubu tayini EDTAlı kan örneklerinde tüp aglütünasyonyöntemi, mikrokolon yöntemi ve mikroplak otomatik kan grubu cihazıyla yapılmış ve Rh faktörünegatif olanlara zayıf D çalışılmıştır. Çalışma süresi içerisinde merkezimizde kan grupları tespitedilen kişiler bir defa değerlendirilmiş olup, aynı bireylere ait tekrarlanan örnekler çalışma dışıtutulmuştur.Bulgular: Araştırılan süre içinde bölgemizde elde ettiğimiz sonuçlara göre kan gruplarının;%43,8inin A, %31,8inin 0, %16,4ünün B ve %8,0ının AB olduğu belirlenmiştir. Ayrıcakişilerin %87sinin Rh pozitif, %13ünün ise Rh negatif olduğu tespit edilmiştir. Çalışmamızdanelde edilen verilerde bölgemizde en sık bulunan kan grubunun A Rh pozitif (%37,9), en azbulunan kan grubunun ise AB Rh negatif (%1) olduğu tespit edilmiştir.Sonuç: Kan insan için hayati öneme sahip olan bir sıvıdır. Kan grupları bölgeler arasındafarklılıklar gösterebilmektedir. Yapılacak çalışmalar ile bölgesel verilerin ortaya konulması vebelirli zaman aralıkları ile güncellenmesi gerekmektedir. Merkezimizde saptanan kan grubudağılımı Türkiye ortalamalarıyla paralellik göstermektedir. Ayrıca kan merkezlerinin bulunduklarıillerdeki kan grubu dağılımlarını gözden geçirerek kritik stok kan seviyeleri belirlemelerininfaydalı olacağını düşünmekteyiz.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Cumhuriyet Üniversitesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’na tüberküloz ön tanısıyla gönderilen örneklerde mycobacterium tuberculosis complex’in görülme sıklığı
    (Cumhuriyet Üniversitesi, 2003) Çelik, Cem; Bakıcı, Mustafa Zahir
    ÖZET Çalışmamızda 2001-02 yıllarında Cumhuriyet Üniversitesi Uygulama ve Araştırma Hastanesine başvuran hastalardan, tüberküloz düşünülenlerinin Mikrobiyoloji Laboratuvanna verilen / gönderilen çeşitli örnekleri ile hastalara yapılan uygulamalardan elde edilen bulgular değerlendirildi. Hastanemize başvuran hastalardan tüberküloz ön tanısı olanlardan alman değişik örnekler ve bu hastalara yapılan uygulamaların incelenmesiyle alman sonuçlar tarandı. Bu işlem sonucunda mikroskopide ARB görülüp görülmemesi, tüberküloz kültüründe Mycobacterium tuberculosis complex'i üreyip ürememesi ve tüberkülin deri testinde reaksiyon görülüp görülmemesiyle alman sonuçlar ayrı ayrı değerlendirildi. Ayrıca Tüberküloz besiyerlerinde üreyen Mycobacterium tuberculosis complex'i bakterilerinin antimikobiyotiklere karşı direnç ve duyarlılıkları da saptandı. İki yıl içerisinde verilen / gönderilen toplam 7481 değişik örneğin 375 (%5,01)'inde ARB mikroskopisi pozitif bulunmuştur. 7161 değişik örneğin 241 (%3,36)'sında Mycobacterium tuberculosis complex'i üremesi saptanmıştır. Yine iki yıl içerisinde Mycobacterium tuberculosis complex'i üreyen 241 örnekten yapılan antibiyogram çalışmaları sonucunda en az bir veya birden fazla ilaca %34,43 oranında direnç saptanmıştır. 885 kişi üzerinde uygulanan tüberkülin deri testi sonuçlarına göre kişilerin % 39'unda 10 mm'nin üzerinde duyarlılık görülmüştür. 41
  • Küçük Resim
    Öğe
    Cytotoxic, Antioxidant, Antibiofilm, and Antimicrobial Activities of Mushroom Species from Turkey
    (HAZİRAN 2023) DİNÇER, EMİNE; IŞIK, HAKAN; Hepokur, Ceylan; TUTAR, UĞUR; Çelik, Cem
    ABSTRACT: Mushrooms, which have been collected to meet the nutritional needs of the world for many years, have gained medical importance thanks to the bioactive compounds they produce. Thanks to studies carried out to determine mushroom diversity, the number of species identified is increasing year by year. Accordingly, in recent years, studies conducted to determine the biological activities of metabolites produced by fungi have been increasing. The present study was conducted to determine the cytotoxic, antioxidant, antibiofilm and antimicrobial activities of the seven different mushroom species (Craterellus cornucopioides, Hymenopellis radicata, Lepista nuda, Pisolithus arhizus, Ramaria flava, Schizophyllum commune, and Tricholoma ustale) collected from Tokat and Yozgat regions located in northern and central Turkey. Laboratory studies have demonstrated that mushrooms used in this study have different degrees of antibiofilm, antimicrobial, antioxidant and cytotoxic activities. At the end of the study, it is determined that C. cornucopioides and L. nuda species have the highest antimicrobial activity. In addition, mushroom species have biofilm inhibitory effects on indicator microorganisms at varying degrees ranging between 20.7 and 96.3%. As a result of antioxidant activity studies, it was determined that T. ustale has the highest free radical scavenging effect and P. arhizus, which has the highest polyphenol content, has the highest reducing power. Finally, it is determined that, among the mushrooms used in the present study, H. radicata showed higher selectivity on the MDA-MB-231 breast cancer cell line than on the normal cell line tested, while C. cornucopioides showed higher selectivity on the MCF-7 breast cancer cell line.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Detection of Rotavirus and Enteric Adenovirus Frequency In Children with Acute Gastroenteritis Attending to Our Hospital: A Sivas-Scale Retrospective Study
    (Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi, 2021) Taşkın Kafa, Ayşe Hümeyra; Hasbek, Mürşit; Çelik, Cem
    Objectives: Viral gastroenteritis is a major health problem that is common worldwide, especially in developing countries, and is responsible for the majority of childhood diarrhea disease. The aim of this study was to deter-mine prevalence of rotavirus and enteric adenovirus frequency and the age and seasonal distribution of viral agents in children with acute gastroenteritis attending to our hospital. Materials and Methods: In this study, 6999 stool specimens were investigated for the presence of rotavirus and adenovirus. The samples were obtained between January 2013 and August 2019 from children age 0-17 suffe-ring from acute gastroenteritis attending to our hospital. Frequency of rotavirus and adenovirus were retrospec-tively evaluated with regard to seasonal distribution, gender and age of patients. Results: Viral antigens were detected in 1341 (19.1 %) of the specimens examined in the study. Among the posi-tive results, rotaviruses and adenoviruses frequency were detected in 14.7 %, 4.4 %respectively. Rota-adenovirus co-infection was 8.4 %(n=113). Whereas rotavirus antigen was determined in all age groups, the highest was found in children age 0-2 with a rate of 57.9 %. Moreover, considering the seasonal distribution of the cases, it can be said that rotavirus infections are mostly observed in winter and spring, while adenovirus infections are frequently detected in summer and autumn. Conclusion: Rotavirus and enteric adenovirus infections are important public health problems that caused hos-pitalization, morbidity and mortality among children
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Determining antifungal, anti-biofilm and anticancer activities of 1,3-di(thiophen-2-yl) prop-2- en-1-one chalcone derivative
    (2017) Tutar, Uğur; Çelik, Cem; Gezegen, Hayreddin; Hepokur, Ceylan
    Amaç: Çalışmamızın amacı, literatürde rapor edilen beş kalkon bileşiğinin Candida albicans ve Candida tropicalis'e karşı potansiyel antifungal ve antibiyofilm aktivitelerinin belirlenmesidir. Ayrıca antimikrobiyal aktivitesi belirlenen \"1,3-di(thiophen-2-yl)prop-2-en-1-one\" kalkon bileşiğinin antioksidan ve insan meme kanseri (MCF-7) ve kemik kanseri (MG63) hücre hatları üzerindeki etkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.Yöntem: Çalışmada kullanılan kalkonlar dimeti sülfoksit (DMSO) içinde iki kat seyreltilmiş ve 1000-15 ?g/mL konsantrasyonda hazırlanmıştır. Kalkonların antifungal ve anti-biyofilm aktiviteleri mikrodilüsyon yöntemi kullanılarak belirlenmiştir. Radikal süpürücü etkisi 2, 2-diphenyl-1-picrylhydrazyl (DPPH) ile test edilmiştir. Hücre canlılığı , kültür ortamına ilave edilen tetrazolium tuzları ile değerlendirilmiştir. Bulgular: Çalışmamızda antimikrobiyal aktivite gösteren \"1,3-di (tiyofen-2-il) prop-2-en-1-on\" C. albicans ve C. tropicalis üzerinde MIC değerleri 0.06 mg/mL bulunmuştur. MBC değerleri ise sırasıyla 0.12 mg/mL ve 0.5 mg/mL olarak saptanmıştır. MBIC aktiviteleri ise sırasıyla 0.06 ve 0.25 mg/mL olarak bulunmuştur. MBEC değerleri her iki mikroorganizma için 1 mg/mL bulunmuştur. C. albicans ve C. tropicalis' in 48 saatlik biyofilm yapılarına MIC değeri uygulandığında yapının sırasıyla 83% ve 81% oranında azaldığı saptanmıştır. \"1,3-di(thiophen-2-yl) prop-2-en-1-one\" IC50 değeri 13,52 µg/L olarak bulundu. MCF-7 ve MG63 hücre hatlarında 5 µg/mL konsantrasyonda 24 saat inkübasyon sonrasında sırasıyla hücrelerin % 30'u ve % 65' i canlı kalmıştır. Sonuç: Elde edilen sonuçlara göre tiyofen halkası içeren kalkon bileşiği C. albicans ve C. tropicalis suşları üzerinde hem üremelerini inhibe edici etki göstermiş hem de gerek biyofilm oluşumunda gerekse oluşan biofilm üzerinde etkili olduğu görülmüştür. Çalışmanın sonuçları tiyofen halkası içeren kalkon bileşiğinin potansiyel antimikrobiyal, antibiyofilm ve antikanser ajan olarak değerli olabileceğini ortaya koymuştur.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Did MALDI-TOF MS Increase Anaerobe Identification in the Microbiology Laboratory? A University Hospital Experience
    (Turkiye Klinikleri, 2020) Taşkin Kafa, Ayşe Hümeyra; Çelik, Cem; Hasbek, Mürşit; Bakici, Mustafa Zahir
    Objective: This study aimed to investigate how the number of species identified in various clinical samples sent with the anaerobic culture request changed with Matrix Assisted Laser Desorption and Ionization Time-Of-Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS). Material and Methods: A total of 602 samples were included in the study, consisting of 419 different clinical samples sent from various polyclinics and services to the Microbiology Laboratory of Sivas Cumhuriyet University Medical Faculty with the anaerobic culture request, and 183 stool samples sent with the Clostridioides difficile request between 2015 and 2018. The results of the anaerobic culture requests within the mentioned years were analyzed retrospectively from the BD EpiCenter™ (Becton Dickin-son, USA) data analysis system. In the study, MALDI-TOF MS measurements were performed using a Bruker Microflex™ LT MALDI-TOF MS device and flexControl 3.0 software (Bruker Daltonics, USA), and MALDI Biotyper® 3.0 software and database were used for typing. Results: In the anaerobic cultures of 419 specimens sent from different clinical materials, 46 different anaerobic bacteria species were identified by MALDI-TOF MS method and 10 different anaerobic bacteria species were identified in stool samples. Among the identified anaerobic bacterial isolates, the most common genus was found to be Prevotella with 26.4%, followed by Cutibacterium acnes with 17.6%, Bacteroides with 12%, and Fusobac-terium with 8.8%, respectively. C. perfringens (47.3%) was identified as the most frequently identified species among 183 stool samples sent with the C. difficile request. Conclusion: When the results of our study were compared with the results of conventional methods, it was observed that there was an increase in the identification of anaerobic bacteria with MALDI-TOF MS system. We believe that the MALDI-TOF MS system can contribute to the identification of anaerobic bacteria. © 2020 by Türkiye Klinikleri.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Evaluation of Antibiofilm and Antimicrobial Activities of N-heterocyclic Carbene Complexes
    (2024) Tutar, Uğur; Çelik, Cem; Ataş, Mehmet
    In recent years, resistance to antimicrobials has become a global problem. Despite the need for new antibiotics with the increase of resistant bacteria, developing new antimicrobials is problematic. Biofilms formed by microorganisms play an essential role in the development of resistance. We aimed to investigate the antimicrobial and antibiofilm activities of N-heterocyclic carbene (NHC) complexes. In this study, previously synthesized and characterized NHC complexes on standard bacterial and fungal strains were investigated. The minimal inhibition concentration (MIC) test was used to determine the antimicrobial activities of the compounds, and the biofilm inhibition concentration test was used to determine the anti-biofilm activities. Compounds 2b and 2c showed potent antimicrobial activity on microorganisms between <=1.9 and 7.8µg/mL. Antimicrobial activity in salts of compounds (1a-1c) was weaker than silver compounds (2a-2c). The antibiofilm activity was between 27 and 79%, especially in silver-bound compounds (2a-2c). Benzimidazole derivative NHC compounds that we evaluated in our study were found to have significant antimicrobial and antibiofilm effects on pathogenic microorganisms. These compounds, which we assessed in our study, may be antimicrobial drug candidates that can be used in different areas. It will be essential to conduct further in vitro and in vivo studies on this subject.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Evaluation of antimicrobial susceptibility and clonal relationships of acinetobacter baumannii isolates produced from patients in a university hospital
    (Nobelmedicus, 2021) Durukan, Seher; Çelik, Cem; Kafa, Ayşe Hümeyra Taşkın; Hasbek, Mürşit
    Objective: Acinetobacter baumannii is one of the most important causes of hospital-acquired infections that cause increased mortality and morbidity in hospital settings and intensive care units. In this study, it was aimed to interpret the clonal relationships of A.baumannii isolates by evaluating them together with epidemiological data. Material and Method: A total of 179 A. baumannii isolates produced from various samples of inpatients in Intensive Care Units and different wards in Sivas Cumhuriyet University Application and Research Hospital between 2012-2018 were included in the study. Antimicrobial susceptibilities of A.baumannii isolates were obtained from the laboratory data analysis system. From these isolates, clonal relationships of 132 DNA samples, which were found to be suitable for quality and quantitation were evaluated by repetitive extragenic palindromic (rep-PCR) method. Results: As a result of the examination of clonal relations, 24 cluster belonging to A. baumannii were determined. Within the groups, cluster 8, cluster 15, and cluster 24 were identified as dominant groups. Intensive care units stand out as the most intensive services in clusters. Conclusion: In this study, it was established that A. baumannii clusters continued to exist in our hospital within the specified years. Especially if precautions are not taken, it should be kept in mind that resistant epidemic clusters can remain in the hospital environment for long years and can be transported from patient to patient. Therefore, to prevent the spread of Acinetobacter infections in hospital settings, hospitals should have continuously updated surveillance programs, and infection control protocols should be strictly implemented and supervised. © 2021, Nobelmedicus. All rights reserved.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Evaluation of the diagnostic performance of theXpert® MTB/RIF assay in pulmonary andextrapulmonary samples
    (2021) Hasbek, Mürşit; Kafa, Ayşe Hümeyra Taşkın; Çelik, Cem
    Introduction: This study aimed to evaluate the performance of the Xpert\rMTB/RIF assay in the identification of M. tuberculosis in pulmonary and extrapulmonary clinical samples by taking the results of the BACTEC MGIT\r960TB culture system as a reference.\rMaterials and Methods: A total of 11,341 specimens sent to Sivas Cumhuriyet\rUniversity Application and Research Hospital Tuberculosis Laboratory for\rmicrobiological examination with suspicion of tuberculosis infection between\rJanuary 2013 and December 2019 were examined, and 6847 clinical specimens that underwent culture (BACTEC MGIT 960TB), Xpert MTB/RIF and\rAFB (Acid-fast bacilli) testing were selected and included in our study. Of the\rsamples included in the study, 5096 samples were pulmonary, and 1751 were\rextrapulmonary samples.\rResults: In our study, sensitivity, specificity, PPV and NPV values of Xpert MTB/\rRIF and AFB were calculated by taking TB culture test as reference test. The\rsensitivity of the Xpert MTB/RIF assay was calculated as 96.1%, specificity as\r99.7%, positive predictive value (PPV) as 88.2%, and negative predictive\rvalue (NPV) as 99.9%. These values for pulmonary samples were determined\ras 98.3%, 99.7%, 89.9%, and 99.9%, respectively. For extrapulmonary\rsamples, the sensitivity of the assay was found as 89.4%, specificity as 99.5%,\rPPV as 82.9%, and NPV as 99.7%. The sensitivity and PPV values for AFBpositive samples were found to be 99.0% and 97.1%, respectively. For AFB\rnegative samples, the sensitivity, specificity, PPV, and NPV values were determined as 90.5%, 99.7%, 73.8%, and 99.9%, respectively.\rConclusion: A large number of clinical samples were studied with the Xpert\rMTB/RIF test in our study. It can be a guide in determining the performance\rof the test under the conditions of our country. Especially in the diagnosis of\rextrapulmonary TB, the effectiveness of the Xpert MTB/RIF assay has not been\rcertainly proven in countries having a moderate prevalence of TB, such as Turkey. In most of the published studies, only a small part of the samples is extrapulmonary samples. So, our study provides valuable results in terms of evaluating a large number of extrapulmonary samples.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Evaluation of the Relationship of HBsAg Serum Plasma Values with HBV DNA and Other Serologic Markers in the Diagnosis of Hepatitis B
    (Sivas Cumhuriyet Üniversitesi, 2024) Karahan, Hamdi; Çelik, Cem
    Objective: Hepatitis B virus (HBV) infections cause a major public health problem worldwide diagnosis and treatment of HBV infection is an important issue. Detection of HBV DNA by polymerase chain reaction (PCR) and demonstration of viral replication together with serologic and biochemical indicators are very useful in diagnosis and treatment. In this study, we aimed to evaluate the relationship between HBsAg serum concentration values and other serologic parameters related to HBV in the diagnosis of hepatitis B. Methods: HBsAg, HBV DNA, Anti HBc IgG, Anti HBc IgM, HBeAg, and Anti HBe values obtained from blood sera taken from patients in Sivas Cumhuriyet University Application and Research Hospital Microbiology Laboratory between 2012-2020 were retrospectively analyzed from laboratory records. Results: A positive correlation was found between HBsAg serum titers and HBV DNA and between HBeAg and HBV DNA. It was found that HBV DNA positivity rates increased as HBsAg titers increased. Similarly, it was found that HBc IgG positivity increased as HBsAg titers increased. HBeAg positivity increased with increasing HBsAg titers up to a certain point, while HBeAg positivity decreased after a certain titer. When HBV DNA results were compared with HBeAg results, the relationship between the two values was found to be significant. Conclusion: We think that it is useful to investigate the relationship between serum concentrations of HBsAg and HBV DNA and other serologic parameters in the accurate identification of HBV infection and monitoring of treatment.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Farklı esansiyel yağların in vitro antimikrobiyal etkinliğinindeğerlendirilmesi
    (2021) Aslan, Rukiye; Kafa, Ayşe Hümeyra Taşkın; Hasbek, Mürşit; Çelik, Cem
    Amaç: Bu çalışmada ticari olarak satılan 16 farklı\resansiyel yağın dört farklı standart bakteri suşu ve\rbir klinik bakteri suşu ile bir standart maya mantarı\rsuşuna karşı antimikrobiyal aktivitelerinin araştırılması\ramaçlanmıştır.\rYöntem: Çalışmada kullanılan esansiyel yağlar\rilgili literatür taramasına paralel şekilde tespit\redilmiştir. Mikrobiyal suşlar American Type Culture\rCollection (ATCC)’den ve Sivas Cumhuriyet Üniversitesi\rUygulama ve Araştırma Hastanesi Klinik Mikrobiyoloji\rLaboratuvarı’ndan temin edilmiştir. Çalışma inokulumları\rMcFarland 0,5 standartına göre belirlenerek,\rantimikrobiyal aktivite European Committee on\rAntimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST)’ in\rstandart disk difüzyon metoduna göre araştırılmıştır.\rBulgular: Araştırmada kullanılan standart suşlara\rve klinik izolata karşı en yüksek etki gösteren esansiyel\ryağlar ve inhibisyon zon değerleri şu şekildedir:\rThymus vulgaris için; Staphylococcus aureus ?50\rmm, Acinetobacter baumannii 43 mm, Escherichia\rcoli 35 mm, Enterococcus feacalis 35 mm; Klebsiella\rpneumoniae 9 mm, Candida albicans ?50 mm;\rMelaleuca alternifolia için; Staphylococcus aureus 14 mm, Acinetobacter baumannii 19 mm, Escherichia\rcoli 20 mm, Enterococcus feacalis ?10 mm, Klebsiella\rpneumoniae 13 mm, Candida albicans ?50 mm;\rMenta piperita için; Staphylococcus aureus ?50 mm,\rAcitenobacter baumannii 20 mm, Escherichia coli 18\rmm, Enterococcus feacalis 14 mm, Candida albicans\r?50 mm, Klebsiella pneumoniae’de inhibisyon zonu\rgörülmemiştir, Lavandula officinalis için; Staphylococcus\raureus 16 mm, Acinetobacter baumannii 10 mm,\rEscherichia coli 11 mm, Enterococcus feacalis 14 mm,\rCandida albicans 18 mm ve Klebsiella pneumoniae’de\rinhibisyon zonu görülmemiştir.\rSonuç: Standart maya mantarı suşu ile standart\rbakteri suşlarına ve klinik bakteri izolatına karşı\retkinlikleri araştırılan esansiyel yağların farklı\rdüzeylerde yüksek antimikrobiyal etkisinin olduğu\rgözlenmiştir. Çalışılan esansiyel yağlar içerisinde\rkekik, çay ağacı, nane ve lavanta esansiyel yağlarının\rdiğer esansiyel yağlara göre daha güçlü antimikrobiyal\retkinliğe sahip olduğu gözlenmiştir. Sonuç olarak\raraştırdığımız bu esansiyel yağların, sahip oldukları\ryüksek antimikrobiyal etki sebebiyle yeni antimikrobiyal\rmadde ve antimikrobiyal ilaç çalışmalarına katkı\rsağlayabileceğini düşünmekteyiz.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    FDA-APPROVED MOLECULAR TESTS USED TO DEFINE HUMAN PAPILLOMAVIRUS (HPV) INFECTIONS WHICH CAUSE CERVIX CANCER
    (Sivas Cumhuriyet Üniversitesi, 2023) Çalı, Abdulhamit; Aslan, Rukiye; Çelik, Cem; Alim, Ahmet
    Human papillomavirus (HPV) is a non-enveloped, commonly sexually transmitted virus with icosahedral symmetry and double-stranded circular DNA. Its genome, which is about 8 kb in size, encodes early genes (E1-8) and two late structural capsid genes (L1 and L2). Among the genes that play a role in viral pathogenesis, L1, E6, and E7 genes frequently exist. The E6 and E7 viral genes have a significant role in apoptosis inhibition, viral spread, development of squamous intraepithelial lesion (SIL), cell immortalization, neoplastic transformation, and invasive cancer. Demonstration of the relationship between cervical cancer and HPV infections has led to increased interest in this subject and the classification of some HPV genotypes in the high-risk group (HR-HPV) for cervical cancer. Numerous commercial molecular tests have been developed for the identification of HPV genotypes involving different approaches. HPV molecular tests approved by the US Food and Drug Administration (FDA) include Hybrid Capture® 2 (HC2), Cervista™, cobas®, Aptima®, and BD Onclarity™. This article reviews the methodologies, limitations, and commonalities of five FDA-approved tests. The HC2 and Cervista™ tests use non-PCR-based signal amplification methods, while the cobas® and BD Onclarity™ tests use PCR-based target amplification methods. On the other hand, the Aptima® test uses the mRNA transcriptional mediated amplification (TMA) method. Each of these methods used in the diagnosis and follow-up of HPV has its strengths and weaknesses. These HPV molecular tests have high sensitivity and specificity. They are also more automated and repeatable than cytological methods. In addition to these advantages, there are also several limitations. Because of these limitations, molecular tests are no more perfect than cytological tests. This situation shows that these tests should not be used alone in the evaluation of HPV infections and cancer identification. On the contrary, HPV test results should be correlated with cytology or biopsy findings.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Hastanede Yatan Hastalardan İzole Edilen Mikroorganizmaların Biyofilm Formasyon Aktiviteleri
    (2018) Çalı, Abdulhamit; Çelik, Cem; Tutar, Uğur; Bakıcı, Mustafa Zahir
    GİRİŞ ve AMAÇ: Günümüzde antimikrobiyallere dirençlimikroorganizmaların giderek artması bakteriyelenfeksiyonların tedavisinde ciddi sorunlara neden olmaktadır.Antimikrobiyal maddelere karşı direncin önemli nedenlerindenbirisi de biyofilmlerdir. Biyofilm, mikroorganizmalar içinkorunaklı bir yapıdır ve bu yapının içinde yaşayanmikroorganizmalar antimikrobiyal ajanlara ve dezenfektanlarakarşı planktonik formlara oranla 1000 kata kadar dahadirençli olabilmektedir. Bu çalışmada, hastaneenfeksiyonlarından sıklıkla izole edilen Acinetobacterbaumannii, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureusve Candida albicans mikroorganizmalarının biyofilmformasyon aktivitelerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır.YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu çalışmada, CumhuriyetÜniversitesi Tıp Fakültesi Uygulama ve Araştırma Hastanesiservislerinde ve yoğun bakım ünitelerinde yatan hastalardangönderilen çeşitli klinik örneklerden yapılan kültürlerde üreyen25’er adet A. baumannii, P. aeruginosa, S. aureus ve C.albicans mikroorganizmalarının biyofilm üretim kapasitelerimikrotitre plak yöntemi kullanılarak yapılmıştır. Biyofilmformasyonları negatif kontrol değeri baz alınarak; biyofilmoluşturmayan = 0, zayıf biyofilm = I, orta dereceli biyofilm =II ve güçlü biyofilm = III olarak değerlendirilmiştir.BULGULAR: Yapılan çalışma sonrasında izolatların toplam% 89’unda zayıf, orta ve güçlü düzeylerde biyofilm oluşumutespit edilmiştir. A. baumannii, P. aeruginosa, S. aureus ve C.albicans suşlarının biyofilm oluşturma oranları sırası ile %100, % 88, % 92 ve % 76 olarak bulunmuştur.TARTIŞMA ve SONUÇ: Hastane kaynaklı P. aeruginosa, A.baumannii, S. aureus ve C. albicans mikroorganizmalarınınönemli oranlarda biyofilmler oluşturduğu görülmüştür.Mikroorganizmalarda direnç gelişimi ile ilgili çalışmalarda budurumun da göz önünde bulundurulması önemli olabilir.Çalışmamızda elde edilen verilerin bu konuda yapılacak dahaileri çalışmalar için literatüre veri sunacağını düşünmekteyiz.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Hastanemize Başvuran Gebelerde Toksoplazma, Rubella Virüs ve Sitomegalovirus Enfeksiyonları İçin Serolojik Göstergelerin Değerlendirilmesi
    (2020) Çubuk, Fatih; Hasbek, Mürşit; Kafa, Ayşe Hümeyra Taşkın; Çelik, Cem
    Amaç: Toxoplazma gondii, rubella virus ve sitomegalovirüs (CMV) anneden bebeğe bulaşabilenve fetus ya da yenidoğanda klinik bulgulara yol açabilen önemli etkenlerdendir. Çalışmamızda,hastanemize başvuran gebelerdeki Toxoplasma gondii, rubella virüs ve sitomegalovirus antikorlarının dağılımının belirlenmesi amaçlanmıştır.Yöntem: Çalışmamızda, 2018-2019 yıllarını kapsayan iki yıllık dönemde, Sivas CumhuriyetÜniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’na gönderilen, gebe hastalaraait kan örneklerinden elde edilen T. gondii, rubella virus ve sitomegalovirus enfeksiyonlarınıntanısında kullanılan serolojik test sonuçları laboratuvar bilgi sisteminden geriye dönük olarakincelenmiştir.Bulgular: : Çalışmamızda, hastanemize başvuran gebelerde, T. gondii, rubella virüs ve sitomegalovirus test sonuçları incelendiğinde anti-T.gondii IgG için %26.7, anti-Rubella virus IgG için%87.9 ve anti-CMV IgG için % 99 pozitiflik oranları belirlenmiştir. Aynı etkenlerin IgM testlerininpozitifliği sırası ile %1.3, %0.3 ve %0.7 olarak belirlenmiştir T. gondii açısından 4 hastada(%22.2) düşük avidite sonucu ile karşılaşılırken, rubella virüs ve sitomegalovirus açısından çalışılan tüm testlerin sonucu yüksek avidite olarak bulunmuştur.Sonuç: Rutin tarama yaklaşımının veya enfeksiyon etkenlerinden hangilerinin bebek üzerineoluşturacağı riskin daha önemli olacağının belirlenmesi açısından bölgesel epidemiyolojik veriler önem taşımaktadır. Biz de, bölgesel veriler içeren çalışmamız ile bu konuda literatüre katkısağlayacağımızı düşünüyoruz.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Periodical Control of the Sausages in Term of Mold and Yeast Produced in Sivas
    (Selcuk University, 2012) Tutar, Uğur; Sümer, Zeynep; Yıldırım, Gülay; Çelik, Cem
    Sausage is a meat product which is consumed widely in our country. However, it is important to determine the existence of fungi widely existing in nature in sausages. Fungi are very useful for the human being in many aspects. However, they some-times may cause loss on account of the diseases they have lead to. In other words, both yeasts and molds can be dangerous for human health as they cause foods to decompose and get rotten. Moreover the responsibilities of food ethics can be put in to the agenda. This study aims to determine whether the amounts of yeast, which may have negative and permanent influ-ences, pose threat to human health. For this aim, sausage samples from the factories were taken five times a day during the 20 days’ period. After these examples were homogenized, their analysis terms of mold and yeast was made bused on the cultures from the prepared dilutions by culturing with plaque spreading method. As a consequence mold and yeast were not found in the sausage samples taken from the factories. It has been thought that the result may have occurred because of the heavy usage of protective additives and the application of temperature processing during the production of sausages and the evolvation was done in terms of food ethics.