Yazar "Doğan, Özgül" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 5 / 5
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Cephinae (Hymenoptera: Symphyta: Cephidae) altfamilyasında konak kullanım genlerinin tüm genom boyunca karşılaştırmalı karakterizasyonu ve konak değişiminin evrimi
    (Sivas Cumhuriyet Üniversitesi, 2021) Doğan, Özgül; Korkmaz, Ertan Mahir
    Yeryüzündeki biyoçeşitliliğin hem gen, hem tür hem de ekosistem düzeyinde en önemli bileşenini böcekler oluşturmaktadır. Yaşam ağacındaki bu göreli yeni dalın evrimsel tarihi ve nasıl bu kadar olağanüstü bir çeşitliliğe sahip olduğu ve bu çeşitliliğin altında yatan nedenler bir asırdan fazladır evrimsel biyolojinin araştırma konularından biri olmuştur. Böceklerde tür zenginliği en temelde denizel olmayan habitatlara uyum, gelişmiş dış iskelet, görme yetisi, parazitik ve sosyal yaşam biçimlerinin evrimi ve eşeyli üreme ile açıklanabilir. Bununla birlikte, son on yılda iklimsel değişimlerin ve biyocoğrafik süreçlerin böcek çeşitlenmesinde sınırlayıcı ya da tetikleyici olma açısından da öneme sahip oldukları önerilmektedir. Böcek konak değişimlerinin de türleşmeye katkıda bulunabileceği tartışmasız olsa da, yeni bir konağa geçişin bir türleşme olayını başlatıp başlatmayacağı bazı tartışmalara konu olmaya devam etmektedir. Özellikle, fitofag böceklerin çeşitliliğinin altında yatan evrimsel dinamikleri anlamak için, böceklerin farklı konak bitkilere kayma ve adapte olma yeteneklerini ve konak kullanım varyasyonuna neden olan mekanizmaları araştırmak gerekir. Bu çalışmada, fitofag türler içeren Cephinae (Hymenoptera: Symphyta) alt familyasında, totalde konak-kullanım genleri olarak sınıflandırılan, konak-tercih ve konak-performans genlerinin genom boyunca karakterizasyonu ve karşılaştırmalı analizleri gerçekleştirilerek, konak değişimlerinin türleşme mekanizması ile ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu bağlamda, polifag veya monofag olma; ağaçsı, çalımsı veya otsu bitkileri konak olarak tercih etme ve çok yıllık, iki yıllık veya tek yıllık otsu bitkileri konak olarak tercih etme durumuna göre seçilen altı türde konak-kullanım genlerinin karakterizasyonu güncel biyoinformatik yaklaşımlar kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla, yeni nesil dizileme yaklaşımları kullanılarak türlerin genom verileri de novo inşa edilmiş, referans tabanlı karşılaştırmalı biyoinformatik yaklaşımlar yardımıyla gen aileleri üyeleri karakterize edilmiş ve doğrulanmıştır. Ek olarak, hem gen aileleri içinde hem de türler arasında karşılaştırmalı analizler gerçekleştirilerek hem konak-kullanım gen ailelerinin Cephinae alt familyasındaki evrimsel örüntüleri, hem de alt familyanın evrimsel tarihi ve türleşme örüntüleri açığa çıkarılmaya çalışılmıştır. Çalışma sonucunda, türler arasında sayıları 210 ile 238 arasında değişkenlik sergileyen konak-kullanım geni tanımlanmıştır. Karakterize edilen bu gen aileleri üyelerinin böceklerde üreme, davranış, organizmal süreçler, gelişimsel süreçler, biyolojik regülasyon, metabolik süreçler ve konak bitki tercihi gibi organizmanın uyum başarısında doğrudan etkili olan süreç veya yolaklarda görevli oldukları tahmin edilmiştir. Karşılaştırmalı analizler sonucunda elde edilen bulgular, bu gen ailelerinin evrimini açıklamada hem doğum ve ölüm modeli hem de çeşitlendirici seçilime bağlı ıraksak evrim modelinin birlikte ele alınması gerektiğine işaret etmektedir. Bu bulgulara ek olarak, Cephinae alt familyası üyelerinin konak-kullanım gen ailelerine dayalı tür filogenisi, gen aileleri üzerine işleyen farklı seçilim baskıları, genetik farklılaşma düzeyleri ve türler arasında gözlenen gen kazanım ve kayıp olguları "ekolojik türleşme modeli" altında türleşme örüntüsü sergiledikleri hipotezini desteklemiştir.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Corynis lateralis (Hymenoptera:Cimbicidae) türünde mitokondri genomunun evrimi
    (Cumhuriyet Üniversitesi, 2015) Doğan, Özgül; Korkmaz, Ertan Mahir
    Total mitogenomun araştırılması genomun evrimi, populasyon genetiği, filocoğrafya, filogeni ve moleküler evrim çalışmaları için elzem bilgiler içeren önemli bir araçtır. Mitogenom verisinden nükleotid dizileri ve genomun yapısal özellikleri olmak üzere iki farklı açıdan yararlanmak mümkündür. Hymenoptera, böcek takımları arasında, biyolojik yaşam çeşitliliği ve tür zenginliği açısından ilk sırada yer alan takımlardan biridir. Farklı yaşam biçimlerine sahip soyhatlarını barındırmasından dolayı çok sayıda evrimsel ve biyocoğrafik örüntünün saptanmasında potansiyel olarak kullanışlı bir takımdır. Bu çalışmada Corynis lateralis (Hymenoptera: Cimbicidae) türünün kısmi mitogenomu dizilenmiş, karakterize edilmiş ve diğer Hymenoptera mitogenomlarıyla karşılaştırılmıştır. C. lateralis mitogenomunda atasal pancrustacea mitogenom organizasyonundan farklı olarak trnN ve trnR genlerinde bir yeniden düzenleme olgusuna rastlanmıştır. Türün mitogenomu genel genom karakterleri açısından diğer Hymenoptera türlerine yüksek oranda benzerlik göstermektedir. Türün kısmi mitogenom dizisinin elde edilmesiyle hem familyanın ilk temsilcisinin verisi sağlanmış olup, hem de Symphyta alt takımının sınırlı olan mitogenom dizi verisine katkıda bulunulmuştur.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Mitochondrial Phylogenomics of Tenthredinidae (Hymenoptera: Tenthredinoidea) Supports the Monophyly of Megabelesesinae as a Subfamily
    (Insects, 26/05/2021) Niu, Gengyun; Jiang, Sijia; Doğan, Özgül; Korkmaz, Ertan.Mahir; Budak, Mahir; Wu, Duo; Wei,Meicai
    Tenthredinidae represents one of the external feeders of the most diverse superfamily, Tenthredinoidea, with diverse host plant utilization. In this study, four complete mitochondrial genomes (mitogenomes), those of Cladiucha punctata, Cladiucha magnoliae, Megabeleses magnoliae, and Megabeleses liriodendrovorax, are newly sequenced and comparatively analyzed with previously reported tenthredinid mitogenomes. The close investigation of mitogenomes and the phylogeny of Tenthredinidae leads us to the following conclusions: The subfamilial relationships and phylogenetic placements within Tenthredinidae are mostly found to be similar to the previously suggested phylogenies. However, the present phylogeny supports the monophyly of Megabelesesinae as a subfamily, with the sister-group placement of Cladiucha and Megabeleses outside of Allantinae. The occurrence of the same type of tRNA rearrangements (MQI and ANS1ERF) in the mitogenomes of Megabelesesinae species and the presence of apomorphic morphological characters also provide robust evidence for this new subfamily. The divergence and diversification times of the subfamilies appear to be directly related to colonization of the flowering plants following the Early Cretaceous. The origin time and diversification patterns of Megabelesesinae were also well matched with the divergence times of their host plants from Magnoliaceae.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Molecular and morphological assessment of the snake-eyed lizard, Ophisops elegans Menetries, 1832 (Sauria, Lacertidae) in Anatolia
    (Universitatea din Oradea, 2022) Bozkurt, Emin; Korkmaz, Ertan Mahir; Ilgaz, Çetin; Yilmaz, Can; Üzüm, Nazan; Avci, Aziz; Doğan, Özgül
    Ophisops elegans Menetries, 1832 includes six subspecies in Turkey. Here, we investigated the systematic status and distribution range of the subspecies of O. elegans in Anatolia concerning molecular and morphological approaches. Two mitochondrial (cytb and 16S rRNA) gene regions were used for the phylogenetic analyses. The phylogenetic trees were constructed with the Bayesian and Maximum Likelihood approaches. For morphological evaluations, ANOVA, Discriminant Function Analyses, and Mann Whitney-U Test were performed via SPSS. The O. elegans complex was split into six main clades. Clade A corresponded to nominate subspecies O. e. elegans. Clade B included African and Levant Ophisops samples. Clade C (O. e. ehrenbergii) was separated into two subclades, and the subspecies distribution was much broader than suggested in the literature. Clade D was defined as O. e. centralanatoliae. The distribution of O. e. centralanatoliae was also much broader than reported in the literature. Clade E can be named as O. e. basoglui, and its range was found to be narrower than mentioned in the literature. Clade F refers to the O. e. macrodactylus, and phylogenetic analyses did not recover O. e. budakibarani as a separate clade. Therefore, O. e. budakibarani was assigned as a junior synonym of O. e. macrodactylus. © Biharean Biologist, Oradea, Romania, 2022.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    The Mycobiome of The Gut of Willow Wood Borer, Xiphydria Prolongata (Hymenoptera: Xiphydriidae): A Rich Source of Rare Yeasts
    (2024) Doğan, Özgül; Korkmaz, Ertan Mahir; Budak, Mahir
    A high-throughput amplicon sequencing as a culture-independent approach was used to identify the gut mycobiome of the willow wood borer Xiphydria prolongata. The findings of this study are significant in terms of the insect-fungal interactions and indicate the unexpected richness of the mycobiome and the presence of many rare yeast species in the wood borer gut. A total of 40 fungal genera were found, and among them, only one endophytic fungus, Daldinia (Hypoxylaceae), has been previously reported in Xiphydria. Zygosaccharomyces siamensis is the most prevalent ascomycete species, while Rhodosporidiobolus colostri is the most abundant basidiomycetous yeast in X. prolongata. Some of the species identified here were known as very rare fungi such as Skoua fertilis, Chaetomium nepalense, R. colostri, and Vustinia terrae. This study is also the first report on S. fertilis and V. terrae in the insect gut flora. These funguses most likely aid in the digestion of lignocellulose in the gut of wood borer. Therefore, further research is required to know the source of acquisition and functional role of these yeast and their industrial potential.