Yazar "Hasbek, Mürşit" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 20 / 27
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Antifungal and Antibiofilm Activities of Some Essential Oils Against Candida spp(2022) Atron, Bydaa; Ahamada, Hanaou; Kafa, Ayşe Hümeyra Taşkın; Çelik, Cem; Hasbek, MürşitCandida species are commonly encountered strains associated with a wide range of infections. Unlike bacterial pathogens, fungal pathogens treatment is difficult and the development of resistance has been increasing at an alarming rate. In this study, the antifungal and antibiofilm effect of thyme oil, rosemary oil, mint oil, citronella oil, was tested on Candida albicans, Candida tropicalis, Candida kefyr, Candida glabrata, Candida parapsilosis isolated from clinical samples. The agar disc diffusion method was employed to determine the antifungal effect of the essential oils, and the inhibition of biofilm formation was assessed using microtiter biofilm inhibition assay. The results indicated that all the essential oils inhibited Candida strains and their biofilm in varying degrees. The highest antifungal activity in all isolates was observed in the thyme oil (>50mm), while rosemary oil showed the highest antibiofilm effect (>77%) in all tested strains. These findings led us to assume that the active components found in essential oils might be potential antifungal agents, adding to the repertoire of therapeutic options for the treatment of candidiasis.Öğe Antimicrobial synergism and antibiofilm activities of Pelargonium graveolens, Rosemary officinalis, and Mentha piperita essential oils against extreme drug-resistant Acinetobacter baumannii clinical isolates(28 Mart 2022) Taşkın Kafa, Ayşe Hümeyra; Aslan, Rukiye; Çelik, Cem; Hasbek, MürşitRosemary officinalis L., Pelargonium graveolens L., and Mentha piperita L., essential oils are used by complementary medicine specialists simultaneously with traditional antibiotics for treatment purposes. The chemical composition of essential oils was analyzed by the gas chromatography-mass spectrometry method. In vitro antibacterial and antibiofilm activities of the essential oils were tested against extreme drug-resistant (XDR) colistin-resistant and colistin susceptible Acinetobacter baumannii clinical strains. The synergistic activities between essential oils and colistin antibiotics were investigated by the checkerboard method. The highest antibacterial effect was detected in mint essential oil (2.5-5 μl/ml), followed by pelargonium essential oil (5-20 μl/ml) and rosemary essential oil (5-20 μl/ml). The combination of rosemary essential oil or pelargonium essential oil with colistin showed strong synergistic activity in most of the bacterial strains tested (fractional inhibitory concentration index ≤ 0.5; synergy). As a result of the combination of mint essential oil and colistin, an indifferent effect was observed in only two bacterial strains, and other strains could not be evaluated. No antagonistic effects were observed in any of the tested essential oils. As a result of the effectiveness of the combination, the minimum inhibitory concentration (MIC) values of colistin in XDR-A. baumannii clinical isolates decreased 2-32 fold. Additionally, the sub-MIC concentration of essential oils exhibited an inhibitory effect (48-90%) against the biofilm layer of tested A. baumannii strains.Öğe Bir Üniversite Hastanesi Kan Transfüzyon Merkezine Başvuran Bağışçılarda HBV, HCV, HIV Seroprevalansı(Ankara Yıldırım Beyazıt Üniversitesi, 2023) Topcu, Kübra Fırtına; Hasbek, Mürşit; Felek, DuyguAmaç:Kan transfüzyonu hastanelerde sıklıkla uygulanan bir işlemdir. Modern tıpta tek kaynağı insan olan yaşamsal bir ilaç olarak kabul edilen kanın güvenli bir şekilde elde edilmesi ve uygulanması önemlidir. Kan bağışçıları transfüzyona bağlı geçiş gösteren HBV,HIV,HCV hastalıkların tespiti ve bulaşın engellenmesi için taranmalıdır. Çalışmamızda transfüzyon ilişkili olarak bulaşabilecek enfeksiyöz etkenlerin geriye dönük taranması ve hastanemizdeki sıklığının araştırılması amaçlandı. Yöntem: Kan bağışı amacıyla ocak 2016- aralık 2020 tarihleri arasında kan merkezine başvuran 4712 bağışçının örnekleri HBsAg, anti HCV, anti HIV için kemilüminesan immmünassay yöntemi kullanılarak tarandı. Bulgular: Beş yıllık süreçte 4712 bağışçı tarandı. Bağışçıların %98.5’i erkek, yaş ortalaması kadınlarda 31.4 , erkeklerde 32.5 idi. bağışçıların %0.17’sinde HBsAg, %0.19’unda anti HCV pozitif saptanırken hiç birinde anti HIV pozitifliği bulunmadı. Sonuç: Çalışmada ülke genelinde yapılan çalışmalardan daha düşük oranda pozitiflik saptandı. Tarama stratejilerinin gelişmesinin bu sonuçta etkili olduğu düşünüldü.Öğe Bir Üniversite Hastanesinde Dışkı Örneklerinde Çalışılan Multipleks Pcr Bakteri Paneli Değerlendirilmesi(2023) Topcu, Kübra Fırtına; Hasbek, Mürşit; Büyüktuna, Seyit Ali; Tek, BaşakAmaç:Enfeksiyöz gastroenterit salgınlarla seyredebilen küresel bulaşıcı hastalıktır. Akut gastroenteritlerin nedenleri arasında çok çeşitli bakteri, virüs ve parazitler bulunur. Çalışmamızda bölgemizdeki gastroenterit vakalarına neden olan bakteriyel etkenlerin dağılımının yanı sıra yaş ve mevsim gibi epidemiyolojik özelliklerini belirlemek, konvansiyonel metotlarla tespit edilmesi zor olan Campylobacter türlerinin multipleks gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle gerçek sıklığına ışık tutmak amaçlandı. Gereç ve Yöntem:Ocak 2016 ve Ağustos 2019 tarihleri arasında hastanemizin çeşitli kliniklerinden bakteriyel etkenlerin saptanması amacıyla mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen 7659 dışkı örneğinin bakteri paneli sonuçları geriye dönük olarak incelendi. Bulgular:Değerlendirilen olguların %21,7’si pozitif, %78,3’ü negatif saptandı. Pozitif örneklerin %92’sinde dört etkenden herhangi biri pozitif iken %7,9’unda 2 etken, %0,1’inde ise 3 etken birlikte pozitif saptandı. Tüm yaşlarda en çok tekli pozitif bulunan etken toplamda Campylobacter (%35,8) idi. Diğerleri sırayla Shiga toksin (%23,6 ), Shigella/ Enteroinvaziv E. coli (%22,3) ve Salmonella (%18,3) idi. Çocuklarda en sık Campylobacter (%43,6), erişkinlerde ise Shigella (%30,6 ) pozitif idi. Pozitiflik en sık yaz aylarında (%37,6) iken en az (%17,8) kış aylarında saptandı. Yaz aylarındaki en sık pozitif olan etken Campylobacter (%38,7), kış aylarında ise Shigella/ Enteroinvaziv E. coli (%39,7) olarak bulundu. Sonuç:Konvansiyonel yöntemlerle yapılan dışkı kültürlerinde özellikle Campylobacter türlerinin tanımlanmasında zorluklar yaşanmaktadır. Çalışmamız Campylobacter türlerinin neden olduğu gastroenteritlerin gerçek sıklığını belirlemek ve diğer etkenlerin bölgemizdeki dağılımının epidemiyolojik faktörlerden nasıl etkilendiğini göstermek açısından literatüre katkı sağlayacaktır. Diğer taraftan moleküler temelli yöntemler tanı açısından her ne kadar altın standart olarak kabul edilmese de, erken tanıya katkıda bulunarak ampirik tedaviye yön verebilir.Öğe BİR ÜNİVERSİTE HASTANESİNDE KAN ÖRNEKLERİNDEN ÜRETİLEN ESCHERICHIA COLI VE KLEBSIELLA PNEUMONIAE İZOLATLARINDA DİRENÇ: COVID-19 PANDEMİ DÖNEMİ İLE KARŞILAŞTIRMALI ALTI YILLIK DEĞERLENDİRME(2022) Çelik, Cem; Özden, Meltem; Karahan, Hamdi; Hasbek, Mürşit; Tutar, UğurKan dolaşım enfeksiyonları (KDE) yüksek mortalite ve morbidite ile seyreden en önemli nozokomiyal enfeksiyonlardandır. Gram negatif bakteriler içerisinde en sık KDE etkeni olan bakterilerden ikisi Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae’dır. Antimikrobiyal direnç bu bakterilerin neden olduğu enfeksiyonların tedavisinin önündeki en büyük sorunlardan birisidir. Direnç sürecinin izlenmesi ve seyrinin belirlenmesi, ampirik tedaviye yön vermesi açısından önemlidir. Bu çalışmada kan dolaşımı örneklerinden izole edilen K. pneumoniae ve E. coli bakterilerinin direnç durumları değerlendirilerek, hastanemizdeki güncel verilerin ortaya konulması amaçlanmıştır. Çalışmada 2016-2021 yılları içerisinde kan örneklerinden izole edilen E. coli ve K. pneumoniae bakterilerinin antibiyotiklere karşı direnç durumları, laboratuvar bilgi sistemi verilerinden alınarak geriye dönük olarak incelenmiştir. Çalışmada 963 kan kültüründen 659 E. coli ve 304 K. pneumoniae izole edilmiştir. Bu bakterilerin %34’ü yoğun bakımlardan, %66’sı diğer kliniklerde yatan hastalardan izole edilmiştir. Tüm antibiyotikler değerlendirildiğinde, yoğun bakımlarda yatan hastalarda direnç oranlarının daha yüksek olduğu görülmüştür. En etkili antibiyotik amikasin olarak bulunmuştur. Yoğun bakım ünitesi izolatlarında Genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) pozitifliği %51 olarak bulunurken, diğer kliniklerde bu oran %36 olarak tespit edilmiştir. GSBL pozitif izolatlarda direnç oranlarının anlamlı oranda yüksek olduğu görülmüştür. K. pneumoniae izolatlarında amikasin ve meropenem sonuçlarında pandemi öncesi ve pandemi dönemi arasında anlamlı bir fark görülmüştür. Ülkemizdeki sağlık merkezlerinin kendi antibiyotik kullanım politikalarını bilimsel çalışma verilerini dikkate alarak belirlemeleri yararlı olacaktır. Bu nedenle bu çalışma sonuçlarının E. coli ve K. pneumoniae kaynaklı sepsiste uygulanacak olan ampirik tedavi modellerini belirlemede yol gösterici olabileceğini düşünüyoruz.Öğe BİR ÜNİVERSİTE HASTANESİNDE KAN ÖRNEKLERİNDEN ÜRETİLEN ESCHERICHIA COLI VE KLEBSIELLA PNEUMONIAE İZOLATLARINDA DİRENÇ: COVID-19 PANDEMİ DÖNEMİ İLE KARŞILAŞTIRMALI ALTI YILLIK DEĞERLENDİRME(ANKEM Antibiyotik ve Kemoterapi Derneği, 2022) Çelik, Cem; Özden, Meltem; Karahan, Hamdi; Hasbek, Mürşit; Tutar, UğurKan dolaşım enfeksiyonları (KDE) yüksek mortalite ve morbidite ile seyreden en önemli nozokomiyal enfeksiyonlardandır. Gram negatif bakteriler içerisinde en sık KDE etkeni olan bakterilerden ikisi Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae’dır. Antimikrobiyal direnç bu bakterilerin neden olduğu enfeksiyonların tedavisinin önündeki en büyük sorunlardan birisidir. Direnç sürecinin izlenmesi ve seyrinin belirlenmesi, ampirik tedaviye yön vermesi açısından önemlidir. Bu çalışmada kan dolaşımı örneklerinden izole edilen K. pneumoniae ve E. coli bakterilerinin direnç durumları değerlendirilerek, hastanemizdeki güncel verilerin ortaya konulması amaçlanmıştır. Çalışmada 2016-2021 yılları içerisinde kan örneklerinden izole edilen E. coli ve K. pneumoniae bakterilerinin antibiyotiklere karşı direnç durumları, laboratuvar bilgi sistemi verilerinden alınarak geriye dönük olarak incelenmiştir. Çalışmada 963 kan kültüründen 659 E. coli ve 304 K. pneumoniae izole edilmiştir. Bu bakterilerin %34’ü yoğun bakımlardan, %66’sı diğer kliniklerde yatan hastalardan izole edilmiştir. Tüm antibiyotikler değerlendirildiğinde, yoğun bakımlarda yatan hastalarda direnç oranlarının daha yüksek olduğu görülmüştür. En etkili antibiyotik amikasin olarak bulunmuştur. Yoğun bakım ünitesi izolatlarında Genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) pozitifliği %51 olarak bulunurken, diğer kliniklerde bu oran %36 olarak tespit edilmiştir. GSBL pozitif izolatlarda direnç oranlarının anlamlı oranda yüksek olduğu görülmüştür. K. pneumoniae izolatlarında amikasin ve meropenem sonuçlarında pandemi öncesi ve pandemi dönemi arasında anlamlı bir fark görülmüştür. Ülkemizdeki sağlık merkezlerinin kendi antibiyotik kullanım politikalarını bilimsel çalışma verilerini dikkate alarak belirlemeleri yararlı olacaktır. Bu nedenle bu çalışma sonuçlarının E. coli ve K. pneumoniae kaynaklı sepsiste uygulanacak olan ampirik tedavi modellerini belirlemede yol gösterici olabileceğini düşünüyoruz.Öğe Covid 19 Pandemisinin Staphylococcus aureus Suşlarının Antibiyotik Direnç Düzeylerine Etkisi(Harran Üniversitesi, 2025) Taşkın Kafa, Ayşe Hümeyra; Çubuk, Fatih; Şimşek, Gonca; Aslan, Rukiye; Akbulut, Resul Ekrem; Hasbek, MürşitAmaç: Staphylococcus aureus, hafif seyirli deri ve yumuşak doku enfeksiyonlarından sepsise kadar çok çeşitli hastalıklara neden olabilen önemli bir insan patojenidir. Bu çalışmada, hastanemizde Koronavi-rüs Hastalığı 2019 (COVID-19) pandemisi öncesinde, sırasında ve sonrasında S. aureus suşlarının antibi-yotik direnç durumu ile metisilin dirençli S. aureus (MRSA) prevalansındaki değişimin retrospektif olarak karşılaştırılması amaçlanmıştır. Materyal ve Metod: Bu çalışma, COVID-19 pandemisi öncesi (1 Ocak 2018- 31 Aralık 2019, 2 yıl), pan-demi dönemi (11 Mart 2020- 10 Mart 2022, 2 yıl) ve pandemi sonrası (5 Mayıs 2023- 31 Aralık 2023, 7 ay) olmak üzere üç kesitsel evreyi kapsayacak şekilde tasarlanmıştır. Çeşitli klinik örneklerden kültürle-nen ve tanımlanan S. aureus suşlarının insidansı ve antibiyotik direnç durumu, hastane laboratuvar bilgi sistemindeki veriler kullanılarak retrospektif olarak analiz edilmiştir. Bulgular: Çalışma sonucu olarak S. aureus suşlarının antibiyotik direnç durumu incelendiğinde gentami-sin direncinin, pandemi öncesi dönemde %4, pandemi döneminde ise %6.9 direnç oranına sahip olduğu tespit edilmiştir. Pandemi süresince MRSA oranlarında bir düşüş eğilimi görülmüştür. Pandemi öncesinde, sonraki iki döneme kıyasla daha yüksek bir MRSA prevalansı gözlenmiştir (p=0,093). Ek olarak pandemi öncesi dönemde yoğun bakım ünitesinde diğer servislere kıyasla daha yüksek bir MRSA prevalansı gözlenmiştir (p=0,075). Sonuç: Pandemi döneminde MRSA prevalansındaki azalmanın, karantina önlemlerinin uygulanması, gelişmiş el hijyeni uygulamaları ve temas önlemlerine titizlik gösterilmesi gibi bir dizi faktörden kay-naklanabilir. Pandemi döneminde gentamisin direnç oranlarında gözlenen artış, aşırı yoğun antibiyotik kullanımına bağlı olabilir.Öğe Detection of Rotavirus and Enteric Adenovirus Frequency In Children with Acute Gastroenteritis Attending to Our Hospital: A Sivas-Scale Retrospective Study(Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi, 2021) Taşkın Kafa, Ayşe Hümeyra; Hasbek, Mürşit; Çelik, CemObjectives: Viral gastroenteritis is a major health problem that is common worldwide, especially in developing countries, and is responsible for the majority of childhood diarrhea disease. The aim of this study was to deter-mine prevalence of rotavirus and enteric adenovirus frequency and the age and seasonal distribution of viral agents in children with acute gastroenteritis attending to our hospital. Materials and Methods: In this study, 6999 stool specimens were investigated for the presence of rotavirus and adenovirus. The samples were obtained between January 2013 and August 2019 from children age 0-17 suffe-ring from acute gastroenteritis attending to our hospital. Frequency of rotavirus and adenovirus were retrospec-tively evaluated with regard to seasonal distribution, gender and age of patients. Results: Viral antigens were detected in 1341 (19.1 %) of the specimens examined in the study. Among the posi-tive results, rotaviruses and adenoviruses frequency were detected in 14.7 %, 4.4 %respectively. Rota-adenovirus co-infection was 8.4 %(n=113). Whereas rotavirus antigen was determined in all age groups, the highest was found in children age 0-2 with a rate of 57.9 %. Moreover, considering the seasonal distribution of the cases, it can be said that rotavirus infections are mostly observed in winter and spring, while adenovirus infections are frequently detected in summer and autumn. Conclusion: Rotavirus and enteric adenovirus infections are important public health problems that caused hos-pitalization, morbidity and mortality among childrenÖğe Did MALDI-TOF MS Increase Anaerobe Identification in the Microbiology Laboratory? A University Hospital Experience(Turkiye Klinikleri, 2020) Taşkin Kafa, Ayşe Hümeyra; Çelik, Cem; Hasbek, Mürşit; Bakici, Mustafa ZahirObjective: This study aimed to investigate how the number of species identified in various clinical samples sent with the anaerobic culture request changed with Matrix Assisted Laser Desorption and Ionization Time-Of-Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS). Material and Methods: A total of 602 samples were included in the study, consisting of 419 different clinical samples sent from various polyclinics and services to the Microbiology Laboratory of Sivas Cumhuriyet University Medical Faculty with the anaerobic culture request, and 183 stool samples sent with the Clostridioides difficile request between 2015 and 2018. The results of the anaerobic culture requests within the mentioned years were analyzed retrospectively from the BD EpiCenter™ (Becton Dickin-son, USA) data analysis system. In the study, MALDI-TOF MS measurements were performed using a Bruker Microflex™ LT MALDI-TOF MS device and flexControl 3.0 software (Bruker Daltonics, USA), and MALDI Biotyper® 3.0 software and database were used for typing. Results: In the anaerobic cultures of 419 specimens sent from different clinical materials, 46 different anaerobic bacteria species were identified by MALDI-TOF MS method and 10 different anaerobic bacteria species were identified in stool samples. Among the identified anaerobic bacterial isolates, the most common genus was found to be Prevotella with 26.4%, followed by Cutibacterium acnes with 17.6%, Bacteroides with 12%, and Fusobac-terium with 8.8%, respectively. C. perfringens (47.3%) was identified as the most frequently identified species among 183 stool samples sent with the C. difficile request. Conclusion: When the results of our study were compared with the results of conventional methods, it was observed that there was an increase in the identification of anaerobic bacteria with MALDI-TOF MS system. We believe that the MALDI-TOF MS system can contribute to the identification of anaerobic bacteria. © 2020 by Türkiye Klinikleri.Öğe Evaluation of antimicrobial susceptibility and clonal relationships of acinetobacter baumannii isolates produced from patients in a university hospital(Nobelmedicus, 2021) Durukan, Seher; Çelik, Cem; Kafa, Ayşe Hümeyra Taşkın; Hasbek, MürşitObjective: Acinetobacter baumannii is one of the most important causes of hospital-acquired infections that cause increased mortality and morbidity in hospital settings and intensive care units. In this study, it was aimed to interpret the clonal relationships of A.baumannii isolates by evaluating them together with epidemiological data. Material and Method: A total of 179 A. baumannii isolates produced from various samples of inpatients in Intensive Care Units and different wards in Sivas Cumhuriyet University Application and Research Hospital between 2012-2018 were included in the study. Antimicrobial susceptibilities of A.baumannii isolates were obtained from the laboratory data analysis system. From these isolates, clonal relationships of 132 DNA samples, which were found to be suitable for quality and quantitation were evaluated by repetitive extragenic palindromic (rep-PCR) method. Results: As a result of the examination of clonal relations, 24 cluster belonging to A. baumannii were determined. Within the groups, cluster 8, cluster 15, and cluster 24 were identified as dominant groups. Intensive care units stand out as the most intensive services in clusters. Conclusion: In this study, it was established that A. baumannii clusters continued to exist in our hospital within the specified years. Especially if precautions are not taken, it should be kept in mind that resistant epidemic clusters can remain in the hospital environment for long years and can be transported from patient to patient. Therefore, to prevent the spread of Acinetobacter infections in hospital settings, hospitals should have continuously updated surveillance programs, and infection control protocols should be strictly implemented and supervised. © 2021, Nobelmedicus. All rights reserved.Öğe Evaluation of in vitro antimicrobial effect of different essential oils(Refik Saydam National Public Health Agency (RSNPHA), 2021) Aslan, Rukiye; Kafa, Ayşe Hümeyra Taşkin; Hasbek, Mürşit; Çelİk, CemObjective: In this study, it was aimed to investigate the antimicrobial effect of 16 different essential oils bycommercially sold, against different standard bacterialstrains and one clinical bacterial strain and one standardyeast strain.Methods: Essential oils used in the study weredetermined in parallel with the relevant literaturereview. Microbial strains were obtained from AmericanType Culture Collection (ATCC) and Sivas CumhuriyetUniversity Application and Research Hospital ClinicalMicrobiology Laboratory. Study inoculums weredetermined according to the McFarland 0.5 standard,and antimicrobial activity was investigated accordingto the standard disk diffusion method of the EuropeanCommittee on Antimicrobial Susceptibility Testing(EUCAST).Results: Essential oils and inhibition zone valuesthat have the highest effect against the standardstrains and the clinical isolate used in the researchare as follows: to Thymus vulgaris; Staphylococcusaureus ?50 mm, Acinetobacter baumannii 43 mm,Escherichia coli 35 mm, Enterococcus feacalis 35 mm;Klebsiella pneumoniae 9 mm, Candida albicans ?50 mm; to Melaleuca alternifolia; Staphylococcus aureus14 mm, Acinetobacter baumannii 19 mm, Escherichiacoli 20 mm, Enterococcus feacalis ?10 mm, Klebsiellapneumoniae 13 mm, Candida albicans ?50 mm; toMentha piperita; Staphylococcus aureus ?50 mm,Acinetobacter baumannii 20 mm, Escherichia coli 18mm, Enterococcus feacalis 14 mm, Candida albicans? -50 mm, Klebsiella pneumoniae no inhibition zonewas observed. To Lavandula officinalis; Staphylococcusaureus 16 mm, Acinetobacter baumannii 10 mm,Escherichia coli 11 mm, Enterococcus feacalis 14 mm,Candida albicans 18 mm and Klebsiella pneumoniae noinhibition zone was observed.Conclusion: The essential oils, whose effects wereinvestigated against standard bacterial strains, a clinicalbacterial isolate, and yeast strain, it was observed thathigh antimicrobial activities at different levels. It wasobserved that thyme, tea tree, mint and lavenderessential oils among the essential oils studied hadstronger antimicrobial effect than other essential oils.As a result, we think that these essential oils, which wehave investigated, may contribute to the study of newantimicrobial substances, and antimicrobial drug due totheir high antimicrobial effect © 2021, Turk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi. All Rights Reserved.Öğe Evaluation of Poor Prognosis in rRT-PCR Positive Covid-19 Cases with Using Deep Transfer Learning Network(2022) Şalk, İsmail; Polat, Özlem; Hasbek, MürşitThe infection called Covid-19 caused by the new type of coronavirus (SARS-CoV-2) is an epidemic and deadly disease that spreads rapidly all over the world. Early detection of Covid-19 will enable the patient to receive appropriate treatment and increase the chance of survival. In this study, it is aimed to investigate the detection of poor prognosis from chest CT images in Covid-19 patients who died and healed using deep learning. For this purpose, a dataset containing a total of 5997 CT images were used and images were classified using the Inception-V3. In order to evaluate the classifier ROC curves are drawn, AUC and accuracy values are used as performance metrics. Inception-V3 model was run 10 times, and a maximum classification performance of 97,55% and an average of 97,01% was achieved. The classification results prove that Inception-V3 can classify CT images with a high accuracy rate for evaluation of Covid-19 prognosis.Öğe Evaluation of the diagnostic performance of theXpert® MTB/RIF assay in pulmonary andextrapulmonary samples(2021) Hasbek, Mürşit; Kafa, Ayşe Hümeyra Taşkın; Çelik, CemIntroduction: This study aimed to evaluate the performance of the Xpert\rMTB/RIF assay in the identification of M. tuberculosis in pulmonary and extrapulmonary clinical samples by taking the results of the BACTEC MGIT\r960TB culture system as a reference.\rMaterials and Methods: A total of 11,341 specimens sent to Sivas Cumhuriyet\rUniversity Application and Research Hospital Tuberculosis Laboratory for\rmicrobiological examination with suspicion of tuberculosis infection between\rJanuary 2013 and December 2019 were examined, and 6847 clinical specimens that underwent culture (BACTEC MGIT 960TB), Xpert MTB/RIF and\rAFB (Acid-fast bacilli) testing were selected and included in our study. Of the\rsamples included in the study, 5096 samples were pulmonary, and 1751 were\rextrapulmonary samples.\rResults: In our study, sensitivity, specificity, PPV and NPV values of Xpert MTB/\rRIF and AFB were calculated by taking TB culture test as reference test. The\rsensitivity of the Xpert MTB/RIF assay was calculated as 96.1%, specificity as\r99.7%, positive predictive value (PPV) as 88.2%, and negative predictive\rvalue (NPV) as 99.9%. These values for pulmonary samples were determined\ras 98.3%, 99.7%, 89.9%, and 99.9%, respectively. For extrapulmonary\rsamples, the sensitivity of the assay was found as 89.4%, specificity as 99.5%,\rPPV as 82.9%, and NPV as 99.7%. The sensitivity and PPV values for AFBpositive samples were found to be 99.0% and 97.1%, respectively. For AFB\rnegative samples, the sensitivity, specificity, PPV, and NPV values were determined as 90.5%, 99.7%, 73.8%, and 99.9%, respectively.\rConclusion: A large number of clinical samples were studied with the Xpert\rMTB/RIF test in our study. It can be a guide in determining the performance\rof the test under the conditions of our country. Especially in the diagnosis of\rextrapulmonary TB, the effectiveness of the Xpert MTB/RIF assay has not been\rcertainly proven in countries having a moderate prevalence of TB, such as Turkey. In most of the published studies, only a small part of the samples is extrapulmonary samples. So, our study provides valuable results in terms of evaluating a large number of extrapulmonary samples.Öğe Farklı esansiyel yağların in vitro antimikrobiyal etkinliğinindeğerlendirilmesi(2021) Aslan, Rukiye; Kafa, Ayşe Hümeyra Taşkın; Hasbek, Mürşit; Çelik, CemAmaç: Bu çalışmada ticari olarak satılan 16 farklı\resansiyel yağın dört farklı standart bakteri suşu ve\rbir klinik bakteri suşu ile bir standart maya mantarı\rsuşuna karşı antimikrobiyal aktivitelerinin araştırılması\ramaçlanmıştır.\rYöntem: Çalışmada kullanılan esansiyel yağlar\rilgili literatür taramasına paralel şekilde tespit\redilmiştir. Mikrobiyal suşlar American Type Culture\rCollection (ATCC)’den ve Sivas Cumhuriyet Üniversitesi\rUygulama ve Araştırma Hastanesi Klinik Mikrobiyoloji\rLaboratuvarı’ndan temin edilmiştir. Çalışma inokulumları\rMcFarland 0,5 standartına göre belirlenerek,\rantimikrobiyal aktivite European Committee on\rAntimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST)’ in\rstandart disk difüzyon metoduna göre araştırılmıştır.\rBulgular: Araştırmada kullanılan standart suşlara\rve klinik izolata karşı en yüksek etki gösteren esansiyel\ryağlar ve inhibisyon zon değerleri şu şekildedir:\rThymus vulgaris için; Staphylococcus aureus ?50\rmm, Acinetobacter baumannii 43 mm, Escherichia\rcoli 35 mm, Enterococcus feacalis 35 mm; Klebsiella\rpneumoniae 9 mm, Candida albicans ?50 mm;\rMelaleuca alternifolia için; Staphylococcus aureus 14 mm, Acinetobacter baumannii 19 mm, Escherichia\rcoli 20 mm, Enterococcus feacalis ?10 mm, Klebsiella\rpneumoniae 13 mm, Candida albicans ?50 mm;\rMenta piperita için; Staphylococcus aureus ?50 mm,\rAcitenobacter baumannii 20 mm, Escherichia coli 18\rmm, Enterococcus feacalis 14 mm, Candida albicans\r?50 mm, Klebsiella pneumoniae’de inhibisyon zonu\rgörülmemiştir, Lavandula officinalis için; Staphylococcus\raureus 16 mm, Acinetobacter baumannii 10 mm,\rEscherichia coli 11 mm, Enterococcus feacalis 14 mm,\rCandida albicans 18 mm ve Klebsiella pneumoniae’de\rinhibisyon zonu görülmemiştir.\rSonuç: Standart maya mantarı suşu ile standart\rbakteri suşlarına ve klinik bakteri izolatına karşı\retkinlikleri araştırılan esansiyel yağların farklı\rdüzeylerde yüksek antimikrobiyal etkisinin olduğu\rgözlenmiştir. Çalışılan esansiyel yağlar içerisinde\rkekik, çay ağacı, nane ve lavanta esansiyel yağlarının\rdiğer esansiyel yağlara göre daha güçlü antimikrobiyal\retkinliğe sahip olduğu gözlenmiştir. Sonuç olarak\raraştırdığımız bu esansiyel yağların, sahip oldukları\ryüksek antimikrobiyal etki sebebiyle yeni antimikrobiyal\rmadde ve antimikrobiyal ilaç çalışmalarına katkı\rsağlayabileceğini düşünmekteyiz.Öğe Hastanemize Başvuran Gebelerde Toksoplazma, Rubella Virüs ve Sitomegalovirus Enfeksiyonları İçin Serolojik Göstergelerin Değerlendirilmesi(2020) Çubuk, Fatih; Hasbek, Mürşit; Kafa, Ayşe Hümeyra Taşkın; Çelik, CemAmaç: Toxoplazma gondii, rubella virus ve sitomegalovirüs (CMV) anneden bebeğe bulaşabilenve fetus ya da yenidoğanda klinik bulgulara yol açabilen önemli etkenlerdendir. Çalışmamızda,hastanemize başvuran gebelerdeki Toxoplasma gondii, rubella virüs ve sitomegalovirus antikorlarının dağılımının belirlenmesi amaçlanmıştır.Yöntem: Çalışmamızda, 2018-2019 yıllarını kapsayan iki yıllık dönemde, Sivas CumhuriyetÜniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’na gönderilen, gebe hastalaraait kan örneklerinden elde edilen T. gondii, rubella virus ve sitomegalovirus enfeksiyonlarınıntanısında kullanılan serolojik test sonuçları laboratuvar bilgi sisteminden geriye dönük olarakincelenmiştir.Bulgular: : Çalışmamızda, hastanemize başvuran gebelerde, T. gondii, rubella virüs ve sitomegalovirus test sonuçları incelendiğinde anti-T.gondii IgG için %26.7, anti-Rubella virus IgG için%87.9 ve anti-CMV IgG için % 99 pozitiflik oranları belirlenmiştir. Aynı etkenlerin IgM testlerininpozitifliği sırası ile %1.3, %0.3 ve %0.7 olarak belirlenmiştir T. gondii açısından 4 hastada(%22.2) düşük avidite sonucu ile karşılaşılırken, rubella virüs ve sitomegalovirus açısından çalışılan tüm testlerin sonucu yüksek avidite olarak bulunmuştur.Sonuç: Rutin tarama yaklaşımının veya enfeksiyon etkenlerinden hangilerinin bebek üzerineoluşturacağı riskin daha önemli olacağının belirlenmesi açısından bölgesel epidemiyolojik veriler önem taşımaktadır. Biz de, bölgesel veriler içeren çalışmamız ile bu konuda literatüre katkısağlayacağımızı düşünüyoruz.Öğe Investigation of Parvovirus B19 IgG and IgM percentage of seropositivity in patients with joint complaints(Refik Saydam National Public Health Agency (RSNPHA), 2023) Hasbek, Mürşit; Çubuk, FatihObjective: Parvovirus B19 can cause conditions such as Erythema Infectiosum in children, transient aplastic crises in individuals with chronic hemolytic anemia, permanent anemia in immunosuppressed patients, and hydrops fetalis in pregnant women. Joint complaints may be seen in patients due to primary infection or as a complication of Erythema Infectiosum. The incidence of joint complaints in individuals infected with Parvovirus B19 may vary depending on age. While 8% of infected children have joint complaints; this percentage may increase to 60-80% in adults. On the other hand, it has been reported that information on the prevalence of joint complaints due to viral causes such as Parvovirus B19 is limited and epidemiological data may show regional differences. In our study, it was aimed to investigate the presence of Parvovirus B19 IgG and IgM antibodies in patients admitted to our hospital and to determine the percentages of Parvovirus B19 seropositivity in the patient group with joint complaints. Methods: In the study, Parvovirus B19 IgG and IgM test results obtained from serum samples sent to the Medical Microbiology Laboratory between 2010-2019 were retrospectively analyzed. Results: A total of 679 patients with joint complaints, including 437 women (64.4%) and 242 men (35.6%), were included in this study. Parvovirus B19 IgG test result was positive in 364 (53.6%) of these patients. Parvovirus B19 IgG seropositivity percentage was found to be higher in patients with joint complaints (53.6%) than in patients without joint complaints (38.4%) (p<0.0001). Parvovirus B19 IgG seropositivity percentage was 32.1% in children with joint complaints and 62.3% in adults (p<0.0001). In addition, this percentage was found to be higher in women (58.1%) with joint complaints compared to men (45.5%) (p=0.002). On the other hand, the Parvovirus B19 IgM seropositivity percentage was determined as 3.2% for these patients. This percentage was 1% in children and 4.1% in adults. Conclusion: In particular, the possibility of a primary infection or complication due to Parvovirus B19 should be kept in mind for adult patients with joint complaints. We think that the results of the serological test (IgG-IgM) for Parvovirus B19 in this patient group will contribute to the differential diagnosis. © (2023), (Refik Saydam National Public Health Agency (RSNPHA)). All Rights Reserved.Öğe Investigation of the Agents Isolated From the Blood Cultures of a University Hospital Neonatal Intensive Care Unit and Their Antimicrobial Susceptibility [2](Galenos Publishing House, 2023) Fırtına Topcu, Kübra; Hasbek, Mürşit; Çabuk, AslıIntroduction: Neonatal sepsis is a clinical syndrome characterized by non-specific signs and symptoms caused by various pathogens. The diagnosis is based on a combination of clinical and laboratory findings. Gram-positive and Gram-negative bacteria are the predominant etiologic agents. In our study,we aimed to evaluate the types of microorganisms grown in neonatal blood cultures and antimicrobial susceptibilities of Gram-negative agents. Materials and Methods: We retrospectively analyzed 2566 blood culture results. Samples from blood culture bottles with growth were passaged on blood agar. The growing colonies were identified by MALDİ-TOF MS. Antibiotic susceptibility tests were performed on a fully automated device. The results were evaluated according to EUCAST standards. Results: Growth was detected in 12.1% of the samples. 59.5% of the patients with growth were male. 66% of the patients were at term and 53.7% had early-onset sepsis. 74.6% of the cases were cesarean section and 59.5% were above 2500 grams. Coagulase-negative staphylococci (CNS) were the most common organisms grown in early and late-onset sepsis. 73.9% CNS, 9% Gram-negative enteric and nonfermentary bacilli, 2.9% Gram-positive bacilli and 0.1% fungi were grown. 40% of S.aureus were methicillin resistant. The most antimicrobial-resistant Gram-negative agent was Klebsiella spp. Klebsiella spp. isolates were resistant to amikacin 9%, ampicillin 100%, cefepime 72.7%, ceftazidime 81.8%, gentamicin 81.8%, meropenem 9.1%. Extended spectrum beta lactamase was positive in 90.9%. Acinetobacter spp. isolates were resistant to amikacin 42.8%, ampicillin 42.8%, gentamicin 42.8%, meropenem 42.8%. Conclusion: Microorganism species and antibiotic susceptibilities in intensive care units vary over time and between clinics. Broad-spectrum antimicrobials started early with suspicion of sepsis without culture confirmation can be replaced with agent-specific narrow-spectrum antimicrobials when growth is detected in culture,monotherapy can be switched or treatment can be terminated early. This may contribute to the prevention of resistance development. © Telif Hakkı 2023 Bursa Uludağ Üniversitesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı / Güncel Pediatri, Galenos Yayınevi tarafından yayınlanmıştır.Öğe Klinik Örneklerden İzole Edilen Enterobacter Cinsi Bakterilerin Tür Düzeyinde Dağılımı ve Antimikrobiyal Direnç Oranları(2023) Çubuk, Fatih; Öksüz, Caner; Keskin, Ertuğrul; Kafa, Ayşe Hümeyra Taşkın; Hasbek, Mürşit; Büyüktuna, Seyit AliAmaç: Bu çalışmada üçüncü basamak bir hastanede çeşitli klinik örneklerden izole edilen Enterobacter cinsi bakterilerin tür düzeyinde dağılımının ve antimikrobiyal direnç oranlarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Çalışmamızda, 2016-2021 yıllarını kapsayan altı yıllık dönemde, kültür işlemleri sonrası Enterobacter cinsi bakteri üremesi tespit edilen çeşitli klinik örneklere ait sonuçlar laboratuvar bilgi sisteminden retrospektif olarak incelenmiştir. Bulgular: Çalışmaya toplam 700 Enterobacter izolatı dâhil edilmiştir. Enterobacter cloacae (%85), bu çalışmada en sık izole edilen etken olmuştur. Enterobacter cinsi bakteriler en sık idrar (%42) örneklerinde üretilmiştir. E. cloacae, E. asburiae ve E. kobei izolatlarında sırasıyla amikasine karşı %3, %4 ve %4 ve gentamisine karşı %5, %6 ve %4 direnç tespit edilmiştir. E. asburiae izolatlarında siprofloksasine ve trimetoprim-sulfametoksazole karşı %4 direnç saptanmıştır. E. cloacae, E. asburiae ve E. kobei izolatlarında ertapeneme karşı %26, %20 ve %18 seviyesinde direnç oranı ile karşılaşılırken; imipenem ve meropenem için daha düşük direnç oranları tespit edilmiştir. Sonuç: Antimikrobiyal direnç verileri bölgesel farklılıklar gösterebilmektedir. Çalışmamızda aminoglikozidler, imipenem, meropenem, siprofloksasin ve trimetoprim-sulfametoksazol gibi çeşitli antibiyotiklere karşı düşük direnç oranları tespit edilmiştir. Bununla birlikte, Enterobacter izolatlarının etken olduğu enfeksiyonlarda aztreonam, ertapenem, piperasilin-tazobaktam veya üçüncü kuşak sefalosorinler tercih edilirken antimikrobiyal duyarlılık sonuçlarının beklenmesini önermekteyiz.Öğe MALDI-TOF MS İle Pozitif Kan Kültürü Şişelerinden Hızlı Bakteri Tanımlanması; Kan Dışı Steril Vücut Sıvıları İçin Tween 80 İle Ön Ekstraksiyon İşlemi Yarar Sağlar Mı?(2024) Çubuk, Fatih; Hasbek, MürşitAmaç: Çalışmamızda Tween 80 ile ön ekstraksiyon işleminin kan dışı steril vücut sıvısı ekilen ve pozitif sinyal alınan kan kültürü şişeleri için uygulanabilirliğinin araştırılması amaçlanmıştır. Yöntem: Bu çalışmada steril vücut sıvıları ekilmiş pozitif kan kültürü şişelerinden uygun agar besiyerine pasajlar alınmıştır. Bakteri kolonilerinden MALDI-TOF MS ile bakteri tanımlaması yapılmıştır. Ayrıca pozitif kan kültürü şişelerine Tween 80 ile ön ekstraksiyon işlemi uygulanmıştır. Bulgular: Tween 80 ile ön ekstraksiyon işlemi sonrası yapılan tanımlama çalışmalarında tür düzeyinde %53.6 ve cins düzeyinde ise %81.4 başarı elde edilmiştir. Ön ekstraksiyon işlemi sonrası gram pozitif ve gram negatif bakteriler için cins düzeyinde istatistiksel olarak anlamlı fark gözlenmemiştir (p=0.808). Bu ön işlem tür düzeyinde özellikle gram negatif bakterilerde daha başarılı sonuçlar sağlamıştır (p=0.021). Sonuç: Ön ekstraksiyon işlemi gram negatif bakteriler için başarılı sonuçlar sağlamıştır. Bununla birlikte gram- pozitif bakteriler için tür düzeyinde sınırlı aktivite göstermiştir. Farklı Tween 80 konsantrasyonları veya başka kimyasallar kullanarak yeni protokoller geliştirmek, gram pozitif bakteri tanımlama verimliliğini artırmanın yararlı bir yolu olabilir.Öğe Patients with the Diagnosis of Malignancy Followed Up with Candidemia in a Tertiary University Hospital: Analysis of Species and Resistance(Sivas Cumhuriyet University, 2022) Öksüz, Caner; Çubuk, Fatih; Hasbek, Mürşit; Buyuktuna, Seyit AliIntroduction: The incidence of Candidemia, which is a significant cause of morbidity and mortality, is increasing. Patients with a diagnosis of malignancy, who use immunosuppressants, and who require follow-up in the intensive care unit are at high risk for Candidemia. The incidence and resistance patterns of Candida species may vary depending on population, geographical location, and previous antifungal exposure. It was aimed to identify Candida spp. isolated from blood culture samples of patients diagnosed with malignancy for the species level, and to determine their antifungal drug susceptibility, in this study. Materials and Methods: In this study, the results of the samples with growth in blood cultures between January 2016 and July-2022 were examined retrospectively. The patients with a diagnosis of Candida spp. fungal growth in at least one blood culture set during hospitalization and the patients with a diagnosis of malignancy defined as candidemia and treated with antifungal were included in the study. Results: Candida albicans growth was detected in 43.5% (10) of the blood cultures included in the study. Non-albicans species were isolated in a total of 13 blood cultures (56.5%): 30.4% (7) C. parapsilosis; 17.4% (4) C. glabrata; 4.3% (1) C. tropicalis; 4.3% (1) C. krusei. Very low resistance rates were determined against many antifungals such as Amphotericin B (0%), Micafungin (0%), Fluconazole (10%), Posaconazole (0%), Voriconazole (0%), and Anidulafungin (25%) for C. albicans isolates in our study. On the other hand, higher levels of resistance were observed for almost all antifungals for non-albicans species, the incidence of which has increased in recent years. Discussion and Suggestions: The epidemiology of Candida infections has been changing in recent years. Although C. albicans is still the main reason for invasive Candidiasis in many clinical environments, a significant number of patients are now infected with non-albicans Candida species. Candida species may show differential susceptibility to commonly used antifungal agents. The susceptibility of Candida species to commonly used antifungal agents varies. As in our study, we believe that following the epidemiological data and antifungal susceptibility patterns of medical centers will allow effective empirical treatment and improve Candidemia prognosis.
