Yazar "Karakaş, Duran" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 12 / 12
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Bolu Atmosferinde Gaz Fazı Kirleticilerin Uzun Vadeli, Alansal Değişiminin İncelenmesi: Yüksek Ozon Konsantrasyonlarına Biyojenik Uçucu Bileşiklerin Katkısı(2019) Karakaş, Serpil Yenisoy; Odabaşı, Mustafa; Üzmez, Özlem Özden; Döğeroğlu, Tuncay; Gaga, Eftade Emine; Karakaş, DuranAtmosferde bulunan bir takım kirleticilerin insan saglıgı ve çevre üzerine olumsuz etkileri dikkat çekici boyutlara gelmistir. Bu kapsamda, projemizde toplam 69 adet uçucu organik bilesik (UOB) (antropojenik-insan kaynaklı, biyojenik), azot oksitler (NOx), kükürt dioksit (SO2) ve ozon (O3) kirleticilerinin Bolu atmosferindeki derisimleri, olusum mekanizmaları ve olası kaynakları degerlendirilmeye alınmıstır. Kirleticilerin derisimlerinin belirlenmesinde aktif ve pasif örnekleme tekniklerinden yararlanılmıstır. Inorganik kirleticilerin (azot oksitler, kükürt dioksit ve ozon) aktif örnekleme çalısmaları 12 Ocak 2017 ve 21 Ocak 2018 tarihleri aralıgında BAIBÜ kampüsünde bulunan O3, NOx ve SO2 analizörlerini içeren sabit istasyonda gerçeklestirilmistir. UOB?lerin aktif ölçümleri ise sıralı otomatik örnekleyici kullanılarak Nisan, Mayıs, Haziran, Temmuz, Agustos 2017 ve Ocak 2018 tarihlerinde gerçeklestirilmistir. Pasif örnekleme ise kıs döneminde (28 Ocak 2017-12 Subat 2017 ) ve yaz döneminde (7 Temmuz 2017-23 Temmuz 2017 ) tamamlanmıstır. Pasif örnekleme çalısmalarında, NO2, SO2 ve ozon Eskisehir Teknik Üniversitesi (Anadolu Üniversitesi) Çevre Mühendisligi Bölümü Hava Kirliligi Arastırma Ekibi tarafından gelistirilen pasif örnekleyicilerle toplanmıs ve analizleri iyon kromotografi (IC) cihazında yapılmıstır. UOB?ler ise Tenax-TA üzerine toplanmıs ve Termal Desorpsiyon Gaz Kromatografisi Kütle Spektrometresi (TD-GCMS) sisteminde analizlenmistir. Pasif örnekleme ile Bolu ili sehir merkezi atmosferinde tespit edilen kirletici (SO2, NO2, O3 ve UOB) derisimleri, mekânsal-mevsimsel egilimlerin, olası kaynak bölgelerin, kirleticilerin birbirleriyle ve meteorolojik faktörlerle korelasyonlarının degerlendirilmesinde kullanılmıstır. Aktif örnekleme teknigi ise bahsedilen bilesiklerin zamansal degisiminin ve birbirleriyle/meteorolojik faktörlerle iliskilerinin degerlendirilmesinde kullanılmıstır. Pozitif Matriks Faktörleme (PMF) analizleri sonucunda çözücü buharlasması, tasıt emisyonları, evsel ısınma ve biyojenik salınımlar Bolu sehir merkezinde etkili olan kirlilik kaynakları olarak belirlenmistir. UOB ve NO2?nin ozon ile korelasyonlarının incelenmesi sonucunda; n-hexane, beta-Pinene, alpha-pinene, benzene, limonene, p-cymene, camphene, camphor, toluene, m+p xylene, n-propylbenzene, isoprene, 2-methylfuran, crotonaldehyde, styrene ve naphthalene ozon olusum mekanizmasında etkili bilesikler olarak belirlenmistir. Ayrıca, biyojenik ve antropojenik UOB emisyonlarının yanısıra atmosferde yeterli NOx varlıgının ozon olusumunda etkin rol oynadıgı tespit edilmistir.Öğe Computational investigation of molecular structures, spectroscopic properties and antitumor-antibacterial activities of some Schiff bases(ELSEVIER, 2021) Kaya, Serpil; Erkan, Sultan; Karakaş, DuranMolecular structures, spectroscopic properties (IR, 1 H NMR and 13C NMR, UV-VIS), molecular electrostatic poten tial maps and some molecular properties (ionization energy, electron affinity, energy gap, hardness, electroneg ativity, electrophilicity index, static dipole moment and average linear polarizability) of three Schiff bases which are 2-((ethylamino)methyl)-6-methoxyphenol (HL1), 2-((ethylamino) methyl)-6-methylphenol (HL2) and 2-((ethylamino)methyl)-6-chlorophenol (HL3) were computed at B3LYP/6-31G(d) level in aqueous phase. The effects of methoxy, methyl and chloro substituents on Schiff bases were examined and it was found that the electron donating property of methyl and chlorine substituents was higher than the methoxy substituent. In order to investigate the antitumor activities of Schiff bases were docked against the breast cancer (MCF7) cell line. Molecular docking results were compared with antitumor standard 5-fluorouracil. Antitumor activity of HL2 and HL3 molecule was found to be higher than HL1 against MCF-7 cell line. In addition, in order to predict the antibacterial activities of Schiff bases were docked against the Mycobacterium tuberculosis (H37Rv) cell line. Docking results were compared with the antibacterial reference N-(salicylidene)-2-hydroxyaniline. Antibacterial activity of HL2 and HL3 molecules was found to be higher than HL1. It is estimated that the binding of the electron donating group to the ortho position of the hydroxyl group in studied Schiff bases increases both antitumor and antibacterial activity.Öğe Computational study on molecular structure, vibrational spectrum analysis and acidity strength of P4On (n = 6-10) phosphorus oxides with cage structure(2020) Karakaş, DuranIn this study, molecular structure, IR spectra and acidity strength of P4On (n = 6-10) type phosphorus oxides with cage structure were investigated at the PBE1PBE/6-311+G(2d) level. Structural parameters and IR spectra of oxides were obtained from optimized structures. From the structural parameters and IR spectra, P4O6 and P4O10 molecules were found in Td symmetry, P4O7 and P4O9 molecules in C3v symmetry and P4O8 molecule in C2v symmetry. Symmetry labeling of the peaks in the IR spectra of oxides was performed.To predict the acidity strength of the oxides in the gas phase, the protonated species were optimized at the PBE1PBE/6-311+G(2d) level. Proton affinity values were calculated using the total energies of neutral and protonated species. Acidity strength ranking according to proton affinity values was obtained as P4O6 < P4O7 < P4O8 < P4O9 < P4O10.Öğe Computational study on the structural, electronic, molecular and thermochemical properties of hypothetical [Tp(CO)2Mo?C-Ph)]2+ and [L(CO)2Mo?C-Ph)]+ carbyne complexes(2021) Zaim, Zinet; Karakaş, DuranThe structural, electronic, molecular and thermochemical properties of hypothetical [Tp(CO)2Mo?C-Ph)]2+ (1) [Tp = hydridotris(pyrazolyl) borate] and [L(CO)2Mo?C-Ph)]+ (2) [L=hydrido 2-phenoxybis(pyrazolyl) borate] carbyne complexes were investigated by quantum chemical calculations. The carbyne complexes were optimized at B3LYP/LANL2DZ/6-31G(d) level. Structural parameters, vibration spectra, electronic spectra and NMR spectra were computationally obtained. Environment geometry of the molybdenum atom was predicted to be distorted octahedral. Mulliken atomic charges, molecular electrostatic potential maps, molecular orbital energy diagrams and frontier orbital contour diagrams were calculated and interpreted to estimate the electronic properties of the complexes. In order to predict the molecular properties of complexes, some electronic structure descriptors were calculated and discussed. The thermal stability of the complexes was investigated. Thermochemical parameters of the complexes were found to increase with increasing temperature. Metal-carbyne bond dissociation energies of complex (1) and complex (2) were calculated as 955 and 912 K, respectively.Öğe Detemination of The Best Method (HF, MP2 and B3LYP) in Calculation of Chemical Hardness(DergiPark, 2018) Zaim, Zinet; Sayın, Tuba Alagöz; Sayın, Koray; Karakaş, DuranChemical hardness of 62 molecules are calculated at different 18 levels. No imaginargy frequency is observed in optimization results for each level. Correlation between experimental and calculated hardness values are investigated. To analyze this investigation, correlation coefficient and scale factor are calculated for each level. As a results, HF method is better in calculation of chemical hardness and moleculer orbital energy than B3LYP and MP2 methods. © 2021. All Rights Reserved.Öğe Fotokimyasal metatez ile polimerlerin degradasyonu(Cumhuriyet Üniversitesi, 1993) Karakaş, Duran; Kaya, CemalYapısında karbon-karbon çift bağı içeren polimerlerin degradasyonu- nun WCİ6/Sn(CH3)4, WClg/EtAlC]^... gibi metatez katalizörleri ile yapıldığı bilinmektedir. Ancak sözü edilen katalizör sistemlerinin çok pahalı olmaları ve havanın oksijeninden etkilenmeleri nedeniyle sanayide kullanılmaları pek tercih edilmemektedir. Bu çalışmada cis-poliizopren, trans-polikloropren ve cis-polibütadi- en'in fotokimyasal degradasyonu ve W(CO) g/CCİ4/hv katalizör sistemiyle foto- kimyasal metatez degradasyonu ilk kez gerçekleştirilmiştir. Deney sonuçları Ubbelohde viskozimetresi ve infrared spektroskopisi ile değerlendirilmiştir. Sözü edilen polimer çözeltilerine sıcaklık sabit tutularak, ışınlama, ışınlama süresi, katalizör ve a-olefin etkileri araştırılmış ve en etkin degradasyon şartları belirlenmiştir, a-olefin olarak 1-dodesen kullanılmıştır. Yapılan deneylerde limit viskozite sayısında azalma ve azalma hızının trans-polikloropren, cis-polibütadien, cis-poliizopren sırasıyla arttığı bulun muş, degradasyon ürünlerinin oluşumunun, ışına, ışınlama süresine, katalizö re ve olefine bağlı olduğu gözlenmiştir. Işınlamadan bekletilen örneklerin degradasyona uğramadığı, ışınla manın başlangıcında limit viskozite sayısının hızla azaldığı, a-olefinin limit viskozite sayısındaki azalmayı ve azalma hızını düşürdüğü görülmüştür, a- olefin kullanmaksızm katalizör ve polimerin birlikte ışınlandığı metatez degradasyon deneylerinde maksimum degradasyon sağlanmıştır.Öğe Investigation of Antiviral Activities of Nickel and Copper Complexes with Macrocyclic Ligands against Crimean-Congo Hemorrhagic Fever by In Silico Calculations(2023) Erkan, Sultan; Bulut, Niyazi; Karakaş, DuranFor the first time, electronic characteristics of potential drug candidates and their inhibitory activities have been linked thanks to this work. Synthesized copper and nickel complexes with trans-N1,N8-bis(2-cyanoethyl)-2,4,4,9,11,11-hexamethyl-1,5,8,12-tetraazacyclotetradecane (tet-bx) ligand, as well as the proposed hypothetical complexes, were properly examined by the appropriate calculation method in atomic and molecular dimensions. The appropriate calculation level was achieved by using the IR spectroscopic data of the tet-bx ligand. The experimental and calculated bond stretching frequencies were compared for synthesized complexes [Ni(tet-bx)](ClO4)2 (1), [Cu(tet-bx)](ClO4)2 (2), [Ni(tet-bx)(NCS)2] (3), and [Ni(tet-bx)(ClO4)Cl] (5). Some bond stretching frequencies of hypothetical complexes [Cu(tet-bx)(NCS)2] (4) and [Cu(tet-bx)(ClO4)Cl] (6) have also been proposed and their molecular structure were determined. To analyze the electronic behavior of the examined complexes at the atomic level, Fukui function indices (nucleophilic f+ and electrophilic f- populations) were determined. Furthermore, antibacterial and antiviral inhibition efficiency of the complexes against Crimean-Congo hemorrhagic fever has been investigated by docking studiesÖğe Investigation of the Effect of Main Components of Wild Thyme on Covid-19 by Computational Methods(2023) Kaya, Serpil; Erkan, Sultan; Karakaş, DuranAromatic plant species of the genus thymus have an important role as they have therapeutic properties such as antirheumatic, antiseptic, antispasmodic, antimicrobial, cardiac, carminative, diuretic and expectorant. It is also known that such plants strengthen the immune system and help cope with infectious diseases such as colds and flu. In this study, the effects of thymol, p-cymene, ?-terpinene, bornyl acetate, borneol, carvacrol, thymol methyl ether, thymol acetate, which are the main components of wild thyme (thymus serpyllum L.), on Covid-19 were investigated at the molecular level. Optimizations and molecular docking were done in Docking Server with the MMFF94 method. Major components of wild thyme were docked separately against 6LU7 protein representing the first gene form of Covid-19 and 7KDL protein representing the mutated form. Docking poses and binding energies between target proteins and wild thyme components were calculated. The results were compared with favipiravir, an antiviral drug developed against influenza virus and also used in the treatment of Covid-19. It was found that the thymol molecule, one of the main components of wild thyme, has the highest biological activity against both 6LU7 and 7KDL protein chains of Covid-19.Öğe Investigations substituent effect on structural, spectral and optical properties of phenylboronic acids(ELSEVIER, 2021) Karakaş, Duran; Sayın, Koray; Çöpcü, BurcuOrtho- and para-substituent arylboronic acid are investigated. Geometric structure and structural proper ties of these compounds are done. IR and NMR spectrum are calculated for the spectral characterizations. Contour diagram of frontier molecular orbitals which are HOMO and LUMO is calculated and molecu lar electrostatic potential (MEP) map of them are obtained to evaluate the electronic properties and to determine the active site on the molecules. Non-linear optical (NLO) properties are investigated. UV–VIS spectrum of studied compounds is calculated and the wavelength of main band is examined. Then, some quantum chemical parameters which are total static dipole moment, the average linear polarizability, the anisotropy of the polarizability and first hyperpolarizability are calculated and it was found that B3 is the best NLO material for applications.Öğe Oktahedral metal karboniller ve türevlerinin IR spektrumlarının çözümlenmesinde yeni bir yöntem(Cumhuriyet Üniversitesi, 2000) Karakaş, Duran; Kaya, CemalMetal karboniller ve türevlerinin organometalik bileşiklerin sentezinde başlangıç maddesi, organik tepkimelerde katalizör olarak kullanılmaları nedeniyle yapılarının aydınlatılması çalışmaları önemli bir araştırma konusu olmuştur. Metal karboniller ve türevlerinin C-0 gerilme bantlarının sayısı, şiddeti ve frekansı molekülün yapısı ile doğrudan ilişkilidir. Bu nedenle infrared spektroskopisi metal karbonillerin sterokimyasının incelenmesinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Metal karbonillerin katalizör olarak kullanıldıkları tepkimelerdeki ara ürünlerin stereokimyası incelenerek mekanizma önerilebilmekte ve başlangıç maddesi olarak kullanıldıkları organometalik bileşiklerin geometrisi saptanabilmektedir. Metal karbonillerin titreşim spektrumlanmn analizi için gerekli olan kuvvet sabitlerinin hesaplanmasında deneysel veriler her zaman yeterli değildir. Böyle durumlarda yaklaşık yöntemler kullanılmıştır. Yaygın olarak kullanılan yöntem enerji ayınmh kuvvet alanları yöntemidir ve bu yöntemin metal karbonillere uygulanması CO-ayırımlı kuvvet alanları yöntemi olarak bilinir. Bu yöntemin uygulanmasında sadece C-0 gerilme kuvvet sabitleri ve CO-CO etkileşim sabitleri göz önüne alınarak seküler denklemler oluşturulur. BununlaII beraber, yöntemin bazı metal karbonillere uygulanmasında iki önemli sorunla karşılaşılır. Bunlardan biri C-0 gerilme bantlarının simetrik etiketlenmesidir. Diğeri ise seküler denklemlerinin çözümünde ortaya çıkmaktadır. Çünkü gözlenen C-0 gerilme bantlarının sayısı, bilinmeyen (kuvvet sabitleri) sayısından daha azdır. Böyle bir durumda, matematiksel olarak, seküler denklemlerin sonsuz sayıda çözümü olacağı açıktır. Geçerli bir çözümü elde etmek için çeşitli yaklaşık yöntemler önerilmiştir. Ancak bu yöntemlerden bazılarının uygulaması oldukça zor, bazılarının da deneysel verilerle yeterince uyum içinde olmaması gibi dezavantajları vardır. Bu çalışmada, C4V nokta grubundaki M(CO)s ve M(CO)sL, C2V nokta grubundaki cis-M(CO)4 ve cis-M(CO)4L2 tipi moleküllerin kuvvet sabitlerini, gözlenen frekanslardan doğrudan hesaplama olanağı sağlayan bir yöntem geliştirilmiştir. Belirli bir molekül için etkileşim sabitlerinin toplamının maksimum değerinin geçerli bir çözüme götüreceği varsayılarak etkileşim sabitlerinin toplamı, kc nin bir fonksiyonu olarak elde edilmiştir. M(CO)s ve M(CO)sL tipi moleküller için bu fonksiyonu maksimum yapan kc değeri kc= - (X.1-A.2) 5// olarak, cis-M(CO)4 ve cis-M(CO)4L2 tipi moleküller için ise kc= - (Xı-X,2) olarak bulunmuştur. Bu bağıntılar ilgili moleküllerin seküler denklemlerinde yerine konularak, diğer kuvvet sabitleri için sadece gözlenen frekansları içeren bağıntılar elde edilmiştir. Kullanılan yöntemin geçerli ve güvenilir bir çözüm verip vermediğini belirlemek amacıyla, elde edilen bağıntılardan bulunan kuvvet sabitleri kullanılarak moleküllerin 13C- izotopomerlerinin frekansları hesaplanmıştır. C4V simetri nokta grubundaki M(CO)s ve M(CO)sL molekülleri için hesaplanan frekansların deneysel frekanslarla oldukça uyum içinde olduğu bulunmuştur. Bu sonuç etkileşim sabitlerinin toplamının maksimum değeri (ESTMD) üzerineIll kurulmuş olan yaklaşımın sözü edilen moleküller için geçerli bir yaklaşım olduğunu göstermektedir. C2v simetrisindeki cis-M(CO)4, cis-M(CO)4L2 molekülleri için etkileşim sabitlerinin toplamını maksimum yapan kc değeri kc nin maksimum değerine kc(max), karşılık gelmektedir. Bu nedenle, bu moleküller için geçerli olan kc değeri, kc = a kc(max) şeklinde kc nin maksimum değerinin bir kesri olacağı varsayılmıştır. îzotopik zenginleştirme incelemelerinden elde edilen kc değerleri kullanılarak cis-M(CO)4, cis-M(CO)4L2 tipindeki çok sayıda molekül için a = 0.90 olarak bulunmuştur. Bu söz konusu moleküller için v °-90 n ı a kc= - - (A.1-A.2) An bağıntısının beşinci bir denklem olarak kullanılabileceğini göstermektedir. Hesaplamalarımızda bu denklem kullanılmıştır. Önerilen yöntemler C-0 gerilme bantlarının simetrik etiketlenmesinde de kullanılmış, ve elde edilen sonuçların Cotton-Kraihanzel yöntemiyle elde edilenlerle uyum içinde olduğu bulunmuştur.Anahtar Kelimeler: Metal karboniller, infrared spektrumu, CO-ayınmlı kuvvet alanları, kuvvet sabiti, simetrik etiketleme.Öğe Theoretical Studies on Eight Oxovanadium(IV) Complexes with Salicylaldehyde and Aniline Ligands(2014) Kariper, Sultan Erkan; Sayın, Koray; Karakaş, DuranEight oxovanadium(IV) complexes with five-coordinate consists of salicylaldehyde and anilines which their abbreviated representations are $VO(sal-anl)_2$ (1), VO(sal-clanl)2 (2), $VO(sal-mxyanl)_2$ (3), $VO(sal-ntranl)_2$ (4), $VO(brsal-anl)_2$ (5), $VO(brsal-clanl)_2$ (6), $VO(brsal-mxyanl)_2$ (7), $VO(brsal-ntranl)_2$ (8) were optimized by using density functional theory (DFT) at B3LYP level with 6-31G and LANL2DZ basis sets in vacuum. Geometrical parameters, stretching frequencies and some quantum chemical parameters of all complexes were obtained from optimized structures. Bond distance and bond angle are not present in the literature were predicted with computational methods. The calculated V-O stretching frequencies of complexes were calculated at B3LYP method with 6-31G and LANL2DZ basis sets. The most compatible stretching frequencies with the experimental values were found with B3LYP/6-31G level. Some quantum chemical parameters were calculated to predict the biological activity ranking. Biological activity ranking of these complexes were found as (7) < (8) < (4) < (6) < (5) < (2) < (1) < (3)Öğe $W(CO)_6/CCl_4/h\\nu$ katalizör sistemi ile bazı polimerlerin bozunması(1999) Karakaş, Duran; Kaya, CemalBu çalışmada, cis-poli(izopren), cis-poli(bütadien) ve trans-poli(kloropren) in $W(CO)_6/CCl_4/h\\nu$ katalizör sistemiyle bozunması incelenmiştir. En etkin bozunma koşulları polimerlerin limit vizkozite sayısındaki değişimle saptanmıştır. $W(CO)_6/CCl_4/h\\nu$ katalizör sisteminin polimerlerin bozunmasında oldukça etkin olduğu, ayrıca polimerin çift bağ içeren karbon atomuna bağlı grupların indüktif etkisinin bozunmada önemli ölçüde rol oynadığı görülmüştür.
