Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Bildiri / Sunu / Poster/Proje Koleksiyonu
Bu koleksiyon için kalıcı URI
Güncel Gönderiler
Öğe İnfertil Erkeklerin Seminal Plazma Sıvısı ve Spermatozoasında Sisteinden Zengin Salgı Proteini 2 (CRISP2) ve Semenogelin 1 (SEMG1) ile mir-582-5p, mir-27a, mir-21 ve mir-216b Ekspresyonunun Araştırılması(Nisan 2023) KALOĞLU, Celal; Budak, Mahir; Korkmaz, Ertan Mahir; Hamutoğlu, RasimBu çalışmada İnfertil Erkeklerin Seminal Plazma Sıvısı ve Spermatozoasında Sisteinden Zengin Salgı Proteini 2 (CRISP2) ve Semenogelin 1 (SEMG1) ile mir-582-5p, mir-27a, mir-21 ve mir-216b Ekspresyonunu arasındaki ilişki araştırılmıştır.Öğe İnfertil Erkeklerin Seminal Plazma Sıvısı ve Spermatozoasında Sisteinden Zengin Salgı Proteini 2 (CRISP2) ve Semenogelin 1 (SEMG1) ile mir-582-5p, mir-27a, mir-21 ve mir-216b Ekspresyonunun Araştırılması(2023) Budak, Mahirİnfertil Erkeklerin Seminal Plazma Sıvısı ve Spermatozoasında Sisteinden Zengin Salgı Proteini 2 (CRISP2) ve Semenogelin 1 (SEMG1) ile mir-582-5p, mir-27a, mir-21 ve mir-216b Ekspresyonunun AraştırılmasıÖğe RNA N6-Methyladenosine Pathway Writer Genes Expression Levels and Clinical Severity of Infection in Covid-19 Patients(12.09.2023) arslan badel; baltacı sevgi; tüzemen bayyurt elif burcu; özbilüm şahin nil; akyürek murat eser; bakır mehmetEpigenetic modifications are known to be effective in the severity and mortality rate of SARS-CoV-2 infection. N6-methyladenosin (m6A) is a posttranscriptional modification that is carried out by m6A methyltransferases (METTL3, METTL14, and WTAP). This modification is effective in the formation of a natural immune response in the relationship between the viral genome and the host cell. In this study, the relationship between clinical severity and METTL3, METTL14, WTAP expression levels in Covid-19 patients was studied for the first time. Also, patients’ D-dimer, ferritin, and C-reactive protein values were compared with these gene expression levels. Total RNA was extracted from blood samples of 100 volunteers and gene expressions were measured using a quantitative real-time polymerase chain reaction. It was determined that METTL3 (p < 0.001) and METTL14 (p = 0.005) genes were statistically significant between case and control. In addition, METTL14 (p = 0.007) and WTAP (p = 0.015) gene expressions were significantly increased in patients with severe disease. METTL14 was statistically significant between the male patients and the control (fold change = 63.87, p = 0.015). Overexpression of the METTL14 gene may have resulted in higher clinical severity in males. Our results demonstrate that host N6-methyladenosine (m6A) methyltransferases may be effective in the development of SARS-CoV-2 infection and prognosis of the disease.Öğe 1 th International Interdisciplinary Congress of Women in Science(İksad Yayınevi, 2023) Akkaya, Birnur...Öğe SÜLFATİT BENZERİ KİTOSAN TÜREVİ BİLEŞİK(Türk Marka ve patent Kurumu, 2023) Akkaya, Birnur; Kocabay, SametBuluş, bazı kanser ya da kötü huylu hücrelerin hücrelerinin damar yüzeylerine yapışmasını engelleyerek kanser hücrelerinin invasyonunu engelleyen sülfatit benzeri kitosan türevi bir bileşik ile ilgilidir.Öğe Ateroskleroz Hastalarında Koroner Arter Plaklarının Yeniden Modellenmesinde Etkili Epigenetik Mekanizmaların Araştırılması(15.03.2022) Nil Özbilüm ŞahinProje Özeti Kardiyovasküler hastalıklar, WHO verilerine göre tüm dünyada ölümlerin önde gelen sebebidir. Kardiyovasküler hastalık portföyünün tipik temsilcisi niteliğindeki koroner arter hastalığı, olguların çoğunda, damar intima-medya tabakasının hasarlanmasına cevap olarak gelişen kronik inflamatuar bir hastalık olarak kabul edilen ateroskleroz zemininde oluşmaktadır. Koroner arter hastalığının ateroskleroz, anevrizma ve restenoz gibi farklı manifestasyonları, farklı hücre populasyonlarının karmaşık adaptif reaksiyonlarıyla ilişkilidir. Son yıllarda epigenetik olaylar kardiyovasküler hastalıkların gelişimi ve ilerlemesinde önemli oyuncular olarak ortaya çıkmaktadır. Kodlama yapmayan RNA’lar kardiyovasküler sistemin patofizyolojik süreçlerinin organizasyonunda önemli düzenleyiciler olması nedeniyle terapötik hedefler, diagnostik ve prognostik biyobelirteçler olarak kullanılma potansiyeline sahiptir. Çalışma grubumuzun aterosklerotik koroner arterlerde mikroRNA ifade düzeyinin araştırılmasıyla ilgili bir TÜBİTAK projesi tamamlanmıştır. Bu çalışmada; literatür taramamıza göre, dünyada ilk defa, aynı çevresel stres koşullarına maruz kalmış ve aynı genetik yapıya sahip hastaların aterosklerotik koroner arter plaklarında ve kıyaslamalı bir damar yatağı olarak aterosklerotik plak gelişiminin çok nadir görüldüğü bilinen internal mammarian arterinde (İMA) LncRNA ve Tüm kodlama yapan gen ekspresyonu karşılaştırılacaktır. Ayrıca, aynı hastaya ait koroner arter ve IMA endotel hücre kültürü yapılıp okside LDL’ye maruz bırakılarak koroner ve IMA arasındaki tüm gen ve lncRNA ekspresyonu farkına bakılacaktır. Kılavuzlara da girmiş olan bilimsel çalışma verilerine göre, koronerleri tamamen aterosklerotik tutulum göstermesine rağmen aynı hastadaki İMA’lar aterosklerozdan korunmaktadır ve bu nedenle de koroner arter bypass cerrahisinde İMA ideale en yakın greft olarak başarıyla kullanılmaktadır. Bu çalışmada, koroner arter by-pass cerrahisi sırasında her hastadan alınan aterosklerotik koroner arter ve IMA doku örnekleri kullanılacaktır. Ayrıca doku örneklerinden endotel hücre kültürü yapılacaktır.. Örneklerde mikroarray yöntemi ile tüm gen ve uzun kodlama yapmayan RNA ekspresyon düzeylerine bakılacaktır. RT-PCR ile bazı genlerin ifade düzeyine bakılarak mikroarray sonuçları valide edilecektir. Bu projeden elde ettiğimiz sonuçlar daha önceki TÜBİTAK projesinden elde edilen mikroRNA sonuçları ile birleştirilecektir. Elde edilen tüm veriler biyoinformatik yöntemlerle değerlendirilerek, aterosklerozun patogenezinde önemli rol oynayan yeni genetik belirteçler tespit edilecektir. Önemli bulunan kodlama yapmayan RNA’ların hedef genleri ve ateroskleroz oluşumuna etki edebilecek önemli yolaklar belirlenecektir. Bu çalışmadan elde edilecek sonuçların, kodlama yapmayan RNA’lar kullanılarak geliştirilecek olan, aterosklerotik plak gelişimini önlemeye yönelik genetik temelli yeni ilaçların geliştirilmesi sürecinde önemli bir veri kaynağı olması beklenmektedir. Ayrıca elde edilen veriler, koroner arterlerdeki aterosklerotik sürece ve bundan daha da önemli olarak aynı genetik altyapıya ve aynı risk faktörlerine maruz kalmasına rağmen IMA’yı aterosklerozdan koruyan sürecin patolojik temelinde rol oynayan epigenetik mekanizmaların açıklanmasına katkı sağlayabilir. Çalışmanın sonuçlarının etki faktörü yüksek dergilerde yayınlanması beklenmektedir.Öğe Covid-19 Hastalarında Lökotrien Metabolizmasinin Değerlendirilmesi(2022) Budak, MahirKoronavirüsler ağır solunum yetmezliği ile karakterize enfeksiyonlara neden olabilen geniş bir virüs ailesidir. Aralık 2019'un sonunda Çin'in Wuhan şehrinde yeni bir solunum yolu enfeksiyonu olan Koronavirus 2019 hastalığı (COVID-19) tespit edildi Paules vd. (2020). Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ), COVID-19'un 216 ülkede görüldüğünü belirterek bu hastalığı pandemi olarak ilan etti Cevik vd. (2020). DSÖ tarafından 07 Eylül 2020’ye kadar COVID-19 ile ilişkili, toplam 26,994,442 doğrulanmış vaka ve 880,994 ölüm rapor edilmiştir Dünya Sağlık Örgütü (2020.). Hastalık asemptomatik seyredebildiği gibi birçok organda fonksiyon kaybına neden olabilir. Kalp, karaciğer ve böbrekler gibi organlarda hasar meydana gelebilse de etkilenen ana organ akciğerdir. Bu nedenle ateş, öksürük, nefes darlığı ve pnömoni gibi alt solunum yolu enfeksiyonu ile ilişkili belirtiler hastalığın en yaygın klinik bulgularıdır Wu vd. (2020). Ölüm oranı ülkeden ülkeye önemli ölçüde değişmekle birlikte % 15,2'ye kadar ulaştığı bildirilmiştir Baud vd. (2020). Zayıf bağışıklık sistemi, diyabet, kanser ve kardiyopulmoner hastalıklar gibi komorbiditelere sahip bireylerde bu oran çok daha yüksektir Harapan vd. (2020). Hastalığın patogenezini anlamak hastaların klinik yönetimi ve yeni tedavi yaklaşımlarının belirlenmesinde son derece önemlidir. Bugüne kadar ortaya atılan hipotezlerde anjiyotensin dönüştürücü enzim 2'nin (ACE2) aktivitesindeki değişiklik, artmış ACE2 reseptör ekspresyonu ve sitokin fırtınasının yaygın alveolar hasar gelişiminde önemli faktörler olduğu belirtilse de (Coperchini vd., 2020; Samavati ve Uhal, 2020), otopsi veya histolojik çalışmaların yetersizliği sebebiyle hücresel ve inflammatuar yanıt hakkında sınırlı veri bulunmaktadır.Öğe UYGULAMALI 16S METABARKODLAMA KURSU(2022) Budak, MahirSivas Cumhuriyet Üniversitesi İleri Teknoloji Araştırma ve Uygulama Merkezi tarafından 05-09 Eylül 2022 tarihleri arasında düzenlenen ” Uygulamalı 16S Metabarkodlama Kursu ” tamamlandı . 7 farklı üniversite ve Orman Genel Müdürlüğünden 15 katılımcının yer aldığı kursta , katılımcılara ” Yeni Nesil Dizileme Teknikleri , Linux ve Metabarkodlama” konularında teorik ve uygulamalı eğitim verildi . Kurs sonunda ise katılımcılara sertifikaları Rektör Vekilimiz Prof. Dr. Hakan Yekbaş ve Kurs Eğitmenleri Doç . Dr. Mahir Budak , Doç . Dr. Ertan Mahir Korkmaz ve Dr. Öğr . Üyesi Özgül Doğan tarafından verildi.Öğe Uygulamalı 16S Metabarkodlama Kursu(05/09/2022) Korkmaz, Ertan MahirSivas Cumhuriyet Üniversitesi İleri Teknoloji Araştırma ve Uygulama Merkezi tarafından 05-09 Eylül 2022 tarihleri arasında düzenlenen ” Uygulamalı 16S Metabarkodlama Kursu ” tamamlandı . 7 farklı üniversite ve Orman Genel Müdürlüğünden 15 katılımcının yer aldığı kursta , katılımcılara ” Yeni Nesil Dizileme Teknikleri , Linux ve Metabarkodlama” konularında teorik ve uygulamalı eğitim verildi . Kurs sonunda ise katılımcılara sertifikaları Rektör Vekilimiz Prof. Dr. Hakan Yekbaş ve Kurs Eğitmenleri Doç . Dr. Mahir Budak , Doç . Dr. Ertan Mahir Korkmaz ve Dr. Öğr . Üyesi Özgül Doğan tarafından verildi.Öğe Ecdysozoa Üstşubesi İçin Yeni Bir Moleküler Sinapomorfi: Olası Bir Mitogenomik Transkripsiyon Sinyal Dizisinin Deneysel Olarak Araştırılması(01/04/2021) Korkmaz, Ertan Mahir; BaşıBüyük, Hasan Hüseyin; Budak, Mahir; Pınarbaşı, Ergün; Bağda, EfkanBöceklerde mitokondriyal transkripsiyonun başlatılması, ilerlemesi ve sonlanmasında görevli proteinler; POLRMT, TFAM, TFB2M, TFEM ve MTERF (MTERF1, MTERF2, MTERF3, MTERF4, MTERF5) protein ailesi üyeleridir. Bu proteinlerden farklı olarak Drosophila melanogaster mitokondrisinde fonksiyonel bir MTERF protein ailesi üyesi bulunmuştur. DmTTF adlı bu protein birbirine zıt yönelimle transkribe olan iki gen kümesi arasında bulunan iki benzer diziyi tanımaktadır. Tanıma dizileri, sırasıyla tRNA-Glu ile tRNA-Phe ve tRNA-Ser (UCN) ile ND1 genleri arasında bulunan genler arası (intergenik) bölgedir. Ancak, bu alanda yapılan araştırmalar oldukça sınırlı olup, transkripsiyon mekanizması tam olarak aydınlatılmamıştır. ‘Bazal Hymenoptera (Insecta) Familyalarında Mitokondri Genomunun Evrimi: Hymenoptera Filogenisinin Yeniden Yapılandırılması’ adlı ve 112T418 numaralı TÜBİTAK 1001 araştırma projesi kapsamında, Hymenoptera mitogenomlarının ND4L-ND6 arasında yer alan genler arası bölgede, transkripsiyon polaritesinin kararlı bir şekilde korunduğu saptanmıştır. Bu duruma, GenBank veritabanında yer alan Ecdysozoa türlerinin mitogenom verisi karakterize edildiğinde de rastlanmıştır. Bu bölgedeki korunmuş zincir değişiminin primer dizi verisine yansıması araştırıldığında ise, bu bölgede korunmuş bir dizi motifinin varlığı saptanmıştır. Yedi baz çifti uzunluğunda ve ‘WHWGHTW’ dizisinden oluşan bu motif, daha önce tanımlanmış DmTTF tanıma dizisinin ters eşleniğidir. Ayrıca, yapısal ve fonksiyonel olarak benzer olan bu motifin Ecdysozoa’da yaygın olarak bulunması bir transkripsiyon sinyali olabileceği hipotezini akla getirmektedir. Önerilen bu projede, bu motifin yeni bir mitokondriyal transkripsiyon sinyali olma hipotezi sınanacaktır. Bu amaçla, Ecdysozoa üstşubesini temsil etmek üzere 10 türde, daha önce rapor edilen transkripsiyon proteinlerinden herhangi biri/birileri ile etkileşimi araştırılarak işlevsel olup olmadığı ampirik olarak gösterilecektir. Bu kapsamda canlı örneklerden total RNA özütlenerek cDNA ortamı elde edilecektir. İlgili gen açık okuma çerçevesi belirlendikten sonra Histidin kuyruklu ekspresyon vektörüne klonlanacaktır. Daha sonra bu rekombinant protein Anti-His (C-term) Antibody sistemi ile saflaştırılacaktır. Protein-nükleik asit etkileşiminin sınanması için EMSA (Electrophoretic mobility shift assay) yöntemi kullanılacaktır. Bu yöntemle hibridize olmaması durumunda total protein lizatı elde edilecek ve alternatif hibiridizasyon uygulamalarına başvurularak ilgili protein(ler) karakterize edilecektir. Bu proje kapsamında elde edilen sonuçlar Ecdysozoa üstşubesinde mitokondri transkripsiyon sisteminin aydınlatılmasına katkı sunacak ve derin filogenisi için yeni ve güvenilir bir sinapomorfi önerilmesini sağlayacaktır. Aynı zamanda, replikasyon ve translasyon süreçlerinin daha ayrıntılı bir şekilde anlaşılmasına olanak sağlayacaktır. Bu çıktılar yanında, proje sonuçları moleküler biyoloji, evrimsel biyoloji, mitogenom evrimi ve mitogenomik- mitoproteomik gibi alanlara evrensel düzeyde katkı sağlayacak bilimsel yayınlara dönüştürülecektir. Aynı zamanda, proje ekibinin gelişimine ve deneyimlerini artırmasına katkı da bulunacaktır. Proje kapsamında dört lisansüstü tezin üretilmesi planlanmıştır.Öğe Ecdysozoa Üstşubesi İçin Yeni Bir Moleküler Sinapomorfi: Olası Bir Mitogenomik Transkripsiyon Sinyal Dizisinin Deneysel Olarak Araştırılması(01/04/2021) Korkmaz, Ertan Mahir; Budak, Mahir; Başıbüyük, Hasan Hüseyin; Pınarbaşı, Ergün; Bağda, EfkanBöceklerde mitokondriyal transkripsiyonun başlatılması, ilerlemesi ve sonlanmasında görevli proteinler; POLRMT, TFAM, TFB2M, TFEM ve MTERF (MTERF1, MTERF2, MTERF3, MTERF4, MTERF5) protein ailesi üyeleridir. Bu proteinlerden farklı olarak Drosophila melanogaster mitokondrisinde fonksiyonel bir MTERF protein ailesi üyesi bulunmuştur. DmTTF adlı bu protein birbirine zıt yönelimle transkribe olan iki gen kümesi arasında bulunan iki benzer diziyi tanımaktadır. Tanıma dizileri, sırasıyla tRNA-Glu ile tRNA-Phe ve tRNA-Ser (UCN) ile ND1 genleri arasında bulunan genler arası (intergenik) bölgedir. Ancak, bu alanda yapılan araştırmalar oldukça sınırlı olup, transkripsiyon mekanizması tam olarak aydınlatılmamıştır. ‘Bazal Hymenoptera (Insecta) Familyalarında Mitokondri Genomunun Evrimi: Hymenoptera Filogenisinin Yeniden Yapılandırılması’ adlı ve 112T418 numaralı TÜBİTAK 1001 araştırma projesi kapsamında, Hymenoptera mitogenomlarının ND4L-ND6 arasında yer alan genler arası bölgede, transkripsiyon polaritesinin kararlı bir şekilde korunduğu saptanmıştır. Bu duruma, GenBank veritabanında yer alan Ecdysozoa türlerinin mitogenom verisi karakterize edildiğinde de rastlanmıştır. Bu bölgedeki korunmuş zincir değişiminin primer dizi verisine yansıması araştırıldığında ise, bu bölgede korunmuş bir dizi motifinin varlığı saptanmıştır. Yedi baz çifti uzunluğunda ve ‘WHWGHTW’ dizisinden oluşan bu motif, daha önce tanımlanmış DmTTF tanıma dizisinin ters eşleniğidir. Ayrıca, yapısal ve fonksiyonel olarak benzer olan bu motifin Ecdysozoa’da yaygın olarak bulunması bir transkripsiyon sinyali olabileceği hipotezini akla getirmektedir. Önerilen bu projede, bu motifin yeni bir mitokondriyal transkripsiyon sinyali olma hipotezi sınanacaktır. Bu amaçla, Ecdysozoa üstşubesini temsil etmek üzere 10 türde, daha önce rapor edilen transkripsiyon proteinlerinden herhangi biri/birileri ile etkileşimi araştırılarak işlevsel olup olmadığı ampirik olarak gösterilecektir. Bu kapsamda canlı örneklerden total RNA özütlenerek cDNA ortamı elde edilecektir. İlgili gen açık okuma çerçevesi belirlendikten sonra Histidin kuyruklu ekspresyon vektörüne klonlanacaktır. Daha sonra bu rekombinant protein Anti-His (C-term) Antibody sistemi ile saflaştırılacaktır. Protein-nükleik asit etkileşiminin sınanması için EMSA (Electrophoretic mobility shift assay) yöntemi kullanılacaktır. Bu yöntemle hibridize olmaması durumunda total protein lizatı elde edilecek ve alternatif hibiridizasyon uygulamalarına başvurularak ilgili protein(ler) karakterize edilecektir. Bu proje kapsamında elde edilen sonuçlar Ecdysozoa üstşubesinde mitokondri transkripsiyon sisteminin aydınlatılmasına katkı sunacak ve derin filogenisi için yeni ve güvenilir bir sinapomorfi önerilmesini sağlayacaktır. Aynı zamanda, replikasyon ve translasyon süreçlerinin daha ayrıntılı bir şekilde anlaşılmasına olanak sağlayacaktır. Bu çıktılar yanında, proje sonuçları moleküler biyoloji, evrimsel biyoloji, mitogenom evrimi ve mitogenomik- mitoproteomik gibi alanlara evrensel düzeyde katkı sağlayacak bilimsel yayınlara dönüştürülecektir. Aynı zamanda, proje ekibinin gelişimine ve deneyimlerini artırmasına katkı da bulunacaktır. Proje kapsamında dört lisansüstü tezin üretilmesi planlanmıştır.
