Mide Kanser ve Omik Tabanlı Analizler

Çoğu normal doku hücresiyle karşılaştırıldığında kanser hücrelerinde belirgin olarak farklı metabolik yolaklarda değişiklikler görülür. Omik tabanlı veri entegrasyonu, mide kanseri araştırmalarında kapsamlı bir şekilde uygulanmıştır. Bu çalışmalar, mide kanseri heterojenliği ve evrelemesi ile bağlantılı çok sayıda mutasyon, gen ekspresyon farklılıkları, protein farklılıkları, epigenetik mutasyonlar ve metabolit konsantrasyon farklılıklarını başarıyla tanımlamıştır. Son zamanlarda, mide kanserinin genomik altyapısı kapsamlı bir şekilde araştırılmış ve gözden geçirilmiştir. Kanser genom atlası ve Asya Araş- tırma Grubu verileri dahil olmak üzere tüm genomik verilerin kullanımı ile mide kanserine karşı klinik terapötiklere rehberlik edebilecek yeni ve sağlam moleküler sınıflandırıcıların geliştirilmesine olanak sağlamıştır. Proteomik, protein ekspresyonu ve translasyon sonrası modifikasyonlar hakkında ek bilgi sağlayarak genomik ve transkriptomik yaklaşımları tamamlar. Şimdiye kadar mide kanserindeki proteomik çalışmaların çoğu, plazma örneklerinden biyobelirteçlerin keşfine odaklanmıştır. Proteomik verilerinin diğer tipteki omik verileriyle entegrasyonu, somatik mutasyonlarla ilişkili sinyal yollarının aydınlatılmasına da olanak sağladı. Farklı transkriptomik alt tipleri ortaya çıkan mide kanserinin sınıflandırılması için gen ekspresyonu da uygulanmıştır. Hem popülasyon hem de tek hücre düzeyinde gen ekspresyonu profili, mide kanserinin heterojenliğini ve immün mikroçevre ile mide kanseri arasındaki karmaşık ilişkiyi aydınlatır ve bu da doğru tanı ve kişiselleştirilmiş terapötik yaklaşımlar geliştirmek için değerli ipuçları sağlayabilir. Metabolomik çalışmalar ile plazma örneklerinden mide kanseri ile ilişkili biyobelirteçlerin keşfine odaklanıldı. Hedeflenen veya hedeflenmeyen metabolomik analizler kullanılarak plazma, idrar, mide suyu ve karsinom dokularında çok sayıda metabolik değişiklik tanımlanmıştır. Genomik, transkriptomik, proteomik ve metabolomik araştırmalar hücreler dokular ve organlarla ilişkili çoklu hastalıklarda etiyolojik süreçlerin geniş ölçekli kesitlerini elde etme imkanı sağlamaktadır. Bunlar, geleneksel yaklaşımların ötesine geçerek bazı spesifik bozuklukların kritik biyolojik proseslerini belirlenmesine de olanak sağlamaktadır. Omik özellikler ile mide kanseri gelişimi arasında güçlü ilişkiler ortaya koyan mide kanseri araştırmalarında Omik çalışmaları yaygın olarak uygulanmıştır. Genom, transkriptom, proteom ve metabolom düzeylerinden elde edilen omik verileri ile mide kanseri kapsamlı bir şekilde katmanlara ayrılmıştır ve ortaya çıkan alt tipler, terapötik sonuçlarla güçlü korelasyonlar göstermektedir. Çoklu omik verilerinin sistem biyolojisi tabanlı entegrasyonu, kanser teşhisi ve tedavisine ilişkin birçok öngörü sağlamıştır